我怎样才能存储一个ggplots的列表，以便在多重位置中使用而不会覆盖之前的地块？ [英] How can I store a list of ggplots to use in multiplot without overwriting previous plots?

问题描述

我想使用从另一个函数创建的对象（下面的 cd 参数）在多槽中绘制协方差/相关矩阵的一些热图。协方差矩阵存储在一个三维数组中，因此 cd $ covmat [,, i] 调用第i个协方差矩阵。

原来我在复制同一个图时遇到了一些问题。但是，我发现我有一个环境问题。我尝试了几种解决方法，下面的代码是最新的，但我无法弄清楚它为什么没有正确读取它。

有没有特别的原因呢？我已经试过包括和排除环境参数（我希望不需要），我试着直接使用 cd $ covmat [,, i]
aes（）参数。

  drawCovs <-function （cd，ncols）{
 require（ggplot2）
 coords = expand.grid（x = 1：cd $ q，y = 1：cd $ q）
 climits = c（-1 ，1）* max（cd $ covmat）
 cd $ levels = c（cd $ levels，Total）
 covtext = ifelse（！（cd $ use.cor），'Covariance'，'相关性'）
 plots = list（）
 cmat = list（）
 for（i in 1：（nlevels + 1））{
 cmat [[i]]< -cd $ covmat [,, i] 
 .e< -environment 
 plots [[i]]< -ggplot（environment = .e）+ geom_tile（aes（x = coords $ x，y = coords $ y，
 fill = as.numeric（cmat [[i]]），color ='white'））+ 
 scale_fill_gradient（covtext，low ='darkblue'，high ='red' ，limit = climits）+ ylab（''）
 + xlab（''）+ guides（color ='none'）+ scale_x_discrete（labels = cd $ varnames，
限制= 1：cd $ q，expand = c（0,0））+ scale_y_discrete（labels = cd $ varnames，
 limits = 1：cd $ q，expand = c（0,0））+ theme axis.text.x = element_text（angle = 90，
 hjust = 1））+ labs（title = paste0（covtext，of data，，cd $ levels [i]））
} 
 
多图（plotlist = plots，cols = ncols）
} 
  

  drawCovs<  -  function（cd，ncols）{
 require（ggplot2）
 require（reshape2）
 plots = list（）
 cmat = list（）
 for（i in 1 :(长度（cd $ covmat） ））{
 cmat [[i]] < -  cd $ covmat [[i]] 
 plot [[i]] < -  ggplot（melt（cmat），aes（x = Var1， y = Var2，fill = value））+ 
 geom_tile（color ='white'）
} 
多图（plotlist = plots，cols = ncols）
} 
 
 cd < -  list（）
 cd $ covmat<  -  list（matrix（runif（25），5），matrix（runif（25），5））
 
 drawCovs（cd，1）
  

I want to plot some heatmaps of covariance/correlation matrices in a multiplot using an object created from another function (the cd parameter below). The covariance matrices are stored in an array of 3 dimensions, so that cd$covmat[,,i] calls the ith covariance matrix.

Originally I had some issues with this with having the same plot replicated. However, I discovered I had an environment issue. I've tried resolving this several ways, with the code below being the most recent, but I can't figure out why it's not reading it properly.

Is there a particular reason for this? I've tried including and excluding the environment parameter (which I hopefully shouldn't need) and I've tried directly using the cd$covmat[,,i] in the aes() parameter.

drawCovs<-function(cd,ncols){
    require(ggplot2)
    coords=expand.grid(x=1:cd$q,y=1:cd$q)
    climits = c(-1,1)*max(cd$covmat)
    cd$levels=c(cd$levels,"Total")
    covtext=ifelse(!(cd$use.cor),'Covariance','Correlation')
    plots=list()
    cmat=list()
    for (i in 1:(nlevels+1)){
        cmat[[i]]<-cd$covmat[,,i]
        .e<-environment
        plots[[i]]<-ggplot(environment=.e)+geom_tile(aes(x=coords$x,y=coords$y,
        fill=as.numeric(cmat[[i]]),color='white'))+
        scale_fill_gradient(covtext,low='darkblue',high='red',limits=climits)+ylab('')
        +xlab('')+guides(color='none')+scale_x_discrete(labels=cd$varnames,
        limits=1:cd$q, expand=c(0,0))+scale_y_discrete(labels=cd$varnames,
        limits=1:cd$q, expand=c(0,0))+theme(axis.text.x = element_text(angle = 90,
        hjust = 1))+labs(title=paste0(covtext,"s of data, ",cd$levels[i]))
    }

    multiplot(plotlist=plots,cols=ncols)
}

解决方案

If you end up trying to fix things with direct calls to environments, you are probably overcomplicating your code. Here's a simple snippet that may serve as a core for your function:

drawCovs <- function(cd, ncols) {
  require(ggplot2)
  require(reshape2)
  plots=list()
  cmat=list()
  for (i in 1:(length(cd$covmat))) {
    cmat[[i]] <- cd$covmat[[i]]
    plots[[i]] <- ggplot(melt(cmat), aes(x=Var1, y=Var2, fill=value)) + 
                  geom_tile(color='white')
  }  
  multiplot(plotlist=plots,cols=ncols)
}

cd <- list()
cd$covmat <- list(matrix(runif(25), 5), matrix(runif(25), 5))

drawCovs(cd, 1)

这篇关于我怎样才能存储一个ggplots的列表，以便在多重位置中使用而不会覆盖之前的地块？的文章就介绍到这了，希望我们推荐的答案对大家有所帮助，也希望大家多多支持IT屋！