小提琴剧情与箱形剧情相结合 [英] Combining violin plot with box plot

问题描述

我有一个非常简单的数据集（2组，每组n = 15）。使用ggplot2，我可以轻松地绘制出两组的小提琴情节或盒子情节。但是，我想绘制一个小提琴图，但是填充阴影对应于我的数据的三个四分位数。

有一个例子在SAS 这里，但我想在R中这样做。

解决方案

像这样使用 ggplot_build（）来获取轮廓？

编辑已更新显示原始数据的数量

  require（ggplot2）＃for ggplot 
 require（dplyr）＃for mutation 
 
 df< -data.frame（＃make sample data 
 grp = rep（1：6 ，每个= 15），
 val = c（rnorm（15，runif（1）* 5，runif（1）），
 rnorm（15，runif（1）* 5，runif（1） ），
 rnorm（15，runif（1）* 5，runif（1）），
 rnorm（15，runif（1）* 5，runif（1）），
 rnorm 15，runif（1）* 5，runif（1）），
 rnorm（15，runif（1）* 5，runif（1））
）
）
 
 g< -ggplot（d f）+ geom_violin（aes（x = grp，y = val，group = grp），color =darkred，fill =darkred，size = 2）＃build the base violins 
 
 coords< ; -ggplot_build（g）$ data＃使用ggbuild获取大纲共同目标
 d< -coords [[1]]＃这将以可用的形式获得df $ b $组<-unique（d $ group $）＃获取唯一的小提琴id 
 
＃函数创建geom_ploygon调用
 fill_viol <-function（v，gr）{
 quants< -mutate（v， xl = x-violinwidth / 2，xr = x + violinwidth / 2，cuts = cut（y，quantile（df [df $ grp == gr，val]）））＃每个方向添加1/2宽度x value 
 plotquants< -data.frame（x = c（quants $ xl，rev（quants $ xr）），＃left x bottom to top，then right x top to bottom 
y = c（quants $ y，rev（quants $ y）），＃将y值加倍以匹配
 id = c（quants $ cuts，rev（quants $ cuts）））＃按分位数截断以创建多边形ID 
 geom_polygon（aes（x，y，fill = as.factor（id）），data = plotquants）＃return the geom_ploy gon object 
 
 
g +＃plot g 
 lapply（groups，function（x）fill_viol（d [d $ group == x，]，x））+＃plus每个小提琴的多边形对象
 scale_fill_brewer（palette =Reds，＃plus fill 
 name =Quantile \\\
，
 labels = c（25，50， 75，100））+ 
 coord_flip（）
  

I have a very simple dataset (2 groups, n=15 per group). Using ggplot2, I can easily plot a violin plot or a box plot of the two groups. However, I would like to graph a violin plot, but have the fill shade correspond to the 3 quartiles of my data.

There is an example done in SAS here but I would like to do this in R.

解决方案

Like this using ggplot_build() to get the outlines?

EDIT UPDATED TO SHOW QUANTILE OF THE ORIGINAL DATA

require(ggplot2)   # for ggplot
require(dplyr)     # for mutation 

df<-data.frame(    # make sample data 
  grp=rep(1:6,each=15),
  val=c(rnorm(15,runif(1)*5,runif(1)),
        rnorm(15,runif(1)*5,runif(1)),
        rnorm(15,runif(1)*5,runif(1)),
        rnorm(15,runif(1)*5,runif(1)),
        rnorm(15,runif(1)*5,runif(1)),
        rnorm(15,runif(1)*5,runif(1))
        )
  )

g<-ggplot(df)+geom_violin(aes(x=grp,y=val,group=grp),color="darkred",fill="darkred",size=2)   # build the base violins

coords<-ggplot_build(g)$data        # use ggbuild to get the outline co-ords
d<-coords[[1]]                      # this gets the df in a usable form
groups<-unique(d$group)             # get the unique "violin" ids

# function to create geom_ploygon calls
fill_viol<-function(v,gr){
  quants<-mutate(v,x.l=x-violinwidth/2,x.r=x+violinwidth/2,cuts=cut(y,quantile(df[df$grp==gr,"val"]))) # add 1/2 width each way to each x value
  plotquants<-data.frame(x=c(quants$x.l,rev(quants$x.r)),   # left x bottom to top, then right x top to bottom
                         y=c(quants$y,rev(quants$y)),       # double up the y values to match
                         id=c(quants$cuts,rev(quants$cuts)))# cut by quantile to create polygon id
  geom_polygon(aes(x,y,fill=as.factor(id)),data=plotquants) # return the geom_ploygon object
}

g +                                                       # plot g
  lapply(groups,function(x)fill_viol(d[d$group==x,],x)) +   # plus polygon objects for each violin
  scale_fill_brewer(palette="Reds",                       # plus fill
                    name="Quantile\n",
                    labels=c("25","50","75","100")) +
  coord_flip()

这篇关于小提琴剧情与箱形剧情相结合的文章就介绍到这了，希望我们推荐的答案对大家有所帮助，也希望大家多多支持IT屋！