R - 我如何绘制这样的ggplot2 [英] R - how can I plot such ggplot2

问题描述

 名称Odds_Ratio_（log2）p值
 
 Ann -1.80494 0.05 
 Lucy 2.51017 0.1 
 Sally -1.97779 0.01 
 ... 
  

我想使图形看起来像图B或C.

要在y轴上有p值，在x轴上有优势比（除以这样的垂直线）和绘制符号旁边的名称。我没有分数大小，所以这里不可能改变符号大小。

我该怎么做？

我真的希望有人能帮助我，因为我的R绘制知识让我只能像这样绘制图：

  plot（数据$ V2，数据$ V3，main =Ratio ，xlab =p-value，ylab =赔率（Log2））
  

。 >？abline 和？text 。

  d < -  data.frame（Name = LETTERS，Odds_Ratio_log2 = $ runif（26，-8，8），
 p_value = runif（26））
 plot（d $ Odds_Ratio_log2，d $ p_value，pch = 20，xlim = c（-8,8）， ylim = c（0,1），
 axes = F，xlab =''，ylab =''，yaxs ='i'）
 abline（v = 0，lwd = 3）
轴（3，lwd = 3，at = seq（-8,8,1），cex.axis = 0.8，lwd.ticks = 1）
 mtext（'Odds（Log2）'，3，line = 2.5）
 text（d $ Odds_Ratio_log2，d $ p_value，d $ Name，pos = 4，cex = 0.7）
  

< hr>

更新：

我已经添加 yaxs ='i'到上面的 plot 调用，因为除非我们这样做，否则顶轴的截取略高于y = 1，可能会给出p值更低的印象。 p>

请注意，该图不是旋转的，本身。相反，我们使用 axes = F 来禁止轴1和轴2（默认的x轴和y轴），取而代之的是绘制轴3（顶轴;参见？轴）。然后，我们使用 mtext 绘制轴3的标签。要在图的左边绘制标签，可以使用 ylab 参数（我已将其设置为'）放入图函数中，或者使用 mtext（'p-value'，2）。

或者，如果您希望中央垂直线具有与y值对应的刻度和标签，。然后，使用段添加刻度标记， text 添加刻度标签，例如：

 段（-0.1，seq（0,1,0.1），0，seq（0,1,0.1），lwd = 2）
 text（rep（0，10），seq（0,1,0.1），seq（0,1,0.1），cex = 0.7，pos = 2）
  

最终结果如下所示：

  opar< ;  -  par（no.readonly = TRUE）
d<  -  data.frame（Name = LETTERS，Odds_Ratio_log2 = runif（26，-8，8），
 p_value = runif（26））
 plot（d $ Odds_Ratio_log2，d $ p_value，pch = 20，xlim = c（-8,8），ylim = c（0,1），
 axes = F，xlab =''，ylab = ''，yaxs ='i'，col ='gray20'）
 abline（v = 0，lwd = 3）
 axis（3，lwd = 3，at = seq（-8， 1），cex.axis = 0.8，lwd.ticks = 1）
 mtext（'Odds（Log2）'，3，line = 2.5）
 text（d $ Odds_Ratio_log2，d $ p_value，d $名称，pos = 4，offset = 0.3，cex = 0.7）
 
 par（xpd = NA）
段（-0.1，seq（0.1,0.9,0.1），0，seq 0.1,0.9,0.1），lwd = 2）
 text（rep（0,10），seq（0.1,0.9,0） .1），seq（0.1,0.9,0.1），
 cex = 0.7，pos = 2，offset = 0.3）
 par（opar）
  pre> 
 
 
  
 
I have data that looks like this:
 Name     Odds_Ratio_(log2)     p-value

 Ann          -1.80494           0.05
 Lucy          2.51017           0.1  
 Sally        -1.97779           0.01  
 ...
And I want to make graph that would look something like Figure B or C.

To have p-values on y-axis, odds ratio on x axis (divided by such vertical line) and Names next to plotted symbol. I don't have fractional size so it's impossible to change symbol size here.

How can I do it?

I really hope that someone will help me with this, as my R plotting knowledge lets me to make plots only like this:  
plot(data$V2,data$V3, main="Ratio", xlab="p-value",ylab="Odds ratio (Log2)") 
.  
解决方案
You should refer to ?plot, ?abline, and ?text. That said, here's one way to do it with base functions.
d <- data.frame(Name=LETTERS, Odds_Ratio_log2=runif(26, -8, 8), 
                p_value=runif(26))
plot(d$Odds_Ratio_log2, d$p_value, pch=20, xlim=c(-8, 8), ylim=c(0, 1),
     axes=F, xlab='', ylab='', yaxs='i')
abline(v=0, lwd=3)
axis(3, lwd=3, at=seq(-8, 8, 1), cex.axis=0.8, lwd.ticks=1)
mtext('Odds (Log2)', 3, line=2.5)
text(d$Odds_Ratio_log2, d$p_value, d$Name, pos=4, cex=0.7)




UPDATE:

I've added yaxs='i' to the plot call above, because unless we do this, the top axis intercepts slightly higher than y=1, perhaps giving an impression of lower p-values.

Note that the plot is not "rotated", per se. Rather, we suppress axis 1 and 2 (the default x and y axes), with axes=F, and instead we plot axis 3 (the top axis; see ?axis). We then use mtext to plot the label for axis 3. To plot a label at the left edge of the plot, you can either use the ylab argument (which I've set equal to '') in the plot function, or use mtext('p-value', 2). 

Alternatively, if you want the central vertical line to have ticks and labels corresponding to y-values, . Then, use segments to add tick marks, and text to add tick labels, e.g.:
segments(-0.1, seq(0, 1, 0.1), 0, seq(0, 1, 0.1), lwd=2)
text(rep(0, 10), seq(0, 1, 0.1), seq(0, 1, 0.1), cex=0.7, pos=2)
The end result will look something like this: 
opar <- par(no.readonly = TRUE)
d <- data.frame(Name=LETTERS, Odds_Ratio_log2=runif(26, -8, 8), 
                p_value=runif(26))
plot(d$Odds_Ratio_log2, d$p_value, pch=20, xlim=c(-8, 8), ylim=c(0, 1),
     axes=F, xlab='', ylab='', yaxs='i', col='gray20')
abline(v=0, lwd=3)
axis(3, lwd=3, at=seq(-8, 8, 1), cex.axis=0.8, lwd.ticks=1)
mtext('Odds (Log2)', 3, line=2.5)
text(d$Odds_Ratio_log2, d$p_value, d$Name, pos=4, offset=0.3, cex=0.7)

par(xpd=NA)
segments(-0.1, seq(0.1, 0.9, 0.1), 0, seq(0.1, 0.9, 0.1), lwd=2)
text(rep(0, 10), seq(0.1, 0.9, 0.1), seq(0.1, 0.9, 0.1), 
     cex=0.7, pos=2, offset=0.3)
par(opar)


                        
这篇关于R  - 我如何绘制这样的ggplot2的文章就介绍到这了，希望我们推荐的答案对大家有所帮助，也希望大家多多支持IT屋！