R：在一页上打印多种类型的图 [英] R: print multiple types of plots on one page

问题描述

我试图在一个页面上绘制多个图。我知道像 gridExtra :: grid.arrange 这样的函数可以绘制由 ggplot2 包生成的图形。我面临的问题是我生成了两个图（ bar.plot 和 density.plot ）由 ggplot2 包和一个使用 limma :: vennDiagram 函数生成的图。我已经尝试了下面的内容，但它不起作用：

 输出<  -  paste（'summary.pdf'）$ b $ （b.pdf）
 plot（density.plot）$ b（输出，宽度= 25，高度= 20）
 par（mfrow = c（3，3））
 $ b print（vennDiagram（dat.venn，circle.col = col，cex = c（3,3,3）））
不可见（dev.off（））
  
 
 
 
 dat.venn是VennCounts类型的数据： 
 
 
  IH-10003-T1-D1 IH-10003-T2-D1计数
 0 0 0 0 
 0 0 1 41 
 0 1 0 81 
 0 1 1 66 
 1 0 0 10 
 1 0 1 2 
 1 1 0 4 
 1 1 1 56 
 attr（，class） 
 [1]VennCounts 
  
我无法找到与网格兼容的维恩图包.arrange 函数。我不认为使用 grid.arrange 函数和 ggplot2不能打印出 VennCounts 可以用 par 函数打印图。
 
 
 
更新：
我尝试使用pushViewport，但它仍然在下一页打印维恩图： 
 
 
  pdf（输出，宽度= 25，高度= 20）
 
＃创建布局：nrow = 2，ncol = 2 
 pushViewport（viewport（layout = grid.layout（2，2）））
 
 ＃一个辅助函数来定义布局上的区域
 define_region<  -  function（row，col）{
 viewport（layout.pos.row = row，layout.pos.col = col）
 
 
 print（bar.plot，vp = define_region（1,1：2））
 print（density.plot，vp = define_region（ 2，1））
 print（vennDiagram（dat.venn，circle.col = col，cex = c（3,3,3）），vp = define_region（2,2））
 dev。 off（）
  
任何帮助都会非常感谢！
解决方案首先，将每个文件保存为.png文件，例如 save（yourfile，file =yourname.png）。第二，使用grid包的read.PNG函数加载它们，比如 yours.png<  -  readPNG（yourfile。 PNG） 
 
 
 
然后，使用rasterGrob函数将它们转换为 g1 < -  rasterGrob（您的。 png，interpolate = TRUE）。  
 
 
一旦所有图形在格式上都可以比较， grid.arrange（）就可以实现。它可能看起来像这样：
 
 $ $ p $ $ $ $ $ $ grid.arrange（g1，g2，g3，nrow = 1）＃one row 
 dev.copy（png，'threeplots.png'）＃保存图形数组
 dev.off（）＃关闭设备
  

I am trying to plot multiple plots in one page. I know functions like gridExtra::grid.arrange that can plot graphs generated by ggplot2 package. The problem I am facing is that I have two plots (bar.plot and density.plot below) that are generated by ggplot2 package and one plot generated using limma::vennDiagram function. I have tried the below but it is not working:

output <- paste('summary.pdf')
pdf(output,width = 25,height = 20)
par(mfrow = c(3, 3))
plot(bar.plot)
plot(density.plot)
print(vennDiagram(dat.venn, circle.col = col,cex = c(3,3,3)))
invisible(dev.off())

dat.venn is a data of type VennCounts:

 I-H-10003-T1-D1 I-H-10003-T2-D1 I-H-10003-T3-D1 Counts
               0               0               0      0
               0               0               1     41
               0               1               0     81
               0               1               1     66
               1               0               0     10
               1               0               1      2
               1               1               0      4
               1               1               1     56
attr(,"class")
[1] "VennCounts"

I am unable to find a venn diagram package that is compatible with the grid.arrange function. I don't think that VennCounts cant be printed out with grid.arrange function and ggplot2 plots can be printed out with par function.

UPDATE: I tried using pushViewport but it is still printing the venn diagram on the next page:

pdf(output,width = 25,height = 20)

# Create layout : nrow = 2, ncol = 2
pushViewport(viewport(layout = grid.layout(2, 2)))

# A helper function to define a region on the layout
define_region <- function(row, col){
  viewport(layout.pos.row = row, layout.pos.col = col)
} 

# Arrange the plots
print(bar.plot, vp = define_region(1, 1:2))
print(density.plot, vp = define_region(2, 1))
print(vennDiagram(dat.venn, circle.col = col,cex = c(3,3,3)), vp = define_region(2, 2))
dev.off()

Any help would be much appreciated!

解决方案

First, save each of the files as .png files, such as save(yourfile, file = "yourname.png").

Second, use the read.PNG function of the grid package to load them, such as yours.png <- readPNG("yourfile.PNG")

After that, convert them with the rasterGrob function as in g1 <- rasterGrob(yours.png, interpolate=TRUE).

Once all the plots are comparable in format, grid.arrange() does the trick. It might look like this:

grid.arrange(g1, g2, g3, nrow=1)  # one row
dev.copy(png,'threeplots.png')   # to save the array of plots     
dev.off()                         # to close the device

这篇关于R：在一页上打印多种类型的图的文章就介绍到这了，希望我们推荐的答案对大家有所帮助，也希望大家多多支持IT屋！