图形工具 - 读取来自 pandas 数据框的边缘列表 [英] graph-tool - reading edge lists from pandas dataframe

问题描述

我正在开始使用图形工具，从熊猫数据框 df 导入边缘列表，如：

  node1 node2 
 0 1 2 
 1 2 3 
 2 1 4 
 3 3 1 
 4 4 3 
 5 1 5 
  

所以基本上是一个有向边的列表。根据教程将它们导入到图形工具中：

  from graph_tool.all import * 
 import pandas as pd 
＃阅读熊猫数据框
 df = pd.read_csv（'file.csv'）
＃定义图
g =图（定向=真）
＃添加边缘
 g.add_edge_list（df.values）
  

根据文档add_edge_list edge_list ）：
edge_list 可以是形状（E，2）的状态，其中E是边的数量，每行指定一个（源，目标）对。

运行上面的代码设置 edge_list = df.values，然后绘制图形，得到：

这不是原始的 edge_list 的数据框。我尝试着设置 * edge_list * = df.values.tolist（）：

  g.add_edge_list（df.values.tolist（））
  

取得：

其中正确的是。任何人都可以重现这一点？这里的问题是我正在处理巨大的网络（〜4 * 10 ^ 6个节点），我认为 .tolist（）方法会浪费一个

编辑：添加绘制图形的代码：

 
 code> graph_draw（g，vertex_text = g.vertex_index，vertex_font_size = 18，output_size =（200,200），output =graph.png）
  

解决方案

我无法重现此操作。如果我从csv文件加载数据框：

  node1，node2 
 1,2 
 2 ，3 
 1,4 
 3,1 
 4,3 
 1,5 
  

在调用 g.add_edge_list（df.values）后获得第二个数字。

I'm starting working with graph-tool, importing a list of edges from a pandas dataframe df like:

   node1  node2
0      1      2
1      2      3
2      1      4
3      3      1
4      4      3
5      1      5

So basically a list of directed edges. I'm importing them into graph-tool according to the tutorial with:

from graph_tool.all import *
import pandas as pd
# Read pandas dataframe
df = pd.read_csv('file.csv')
# Define Graph
g = Graph(directed=True)
# Add Edges
g.add_edge_list(df.values)

According to the Documentation of add_edge_list(edge_list): edge_list may be a ndarray of shape (E,2), where E is the number of edges, and each line specifies a (source, target) pair.

Running the above code setting edge_list = df.values, and drawing the graph, I obtained:

which is not a representation of the original edge_list of the dataframe. I tried to set *edge_list* = df.values.tolist() with:

g.add_edge_list(df.values.tolist())

obtaining:

Which actually is the right one. Anyone can reproduce this? The problem here is that I'm working with huge networks (~4*10^6 nodes), and I think that the .tolist() method is going to waste a lot of memory in the process.

EDIT: add code for drawing the graph:

graph_draw(g, vertex_text=g.vertex_index, vertex_font_size=18, output_size=(200, 200), output="graph.png")

解决方案

I can't reproduce this. If I load the data frame from the csv file:

  node1,node2
  1,2
  2,3
  1,4
  3,1
  4,3
  1,5

I get your second figure after calling g.add_edge_list(df.values).

这篇关于图形工具 - 读取来自 pandas 数据框的边缘列表的文章就介绍到这了，希望我们推荐的答案对大家有所帮助，也希望大家多多支持IT屋！