提取字符之间的数字 - grep [英] extract number between characters - grep

问题描述

我正在使用PHP，并希望使用grep提取字符'gi |这里是数字|'，并将它分配给变量。

I am using PHP and want to extract numbers between characters 'gi|HERE IS THE NUMBER|' using grep and assign it to variable.

该文件包含：

The file contains:

>gi|1786181|gb|AE000111|ECAE000111 Escherichia coli , thrL, thrA, thrB, thrC, yaaA, yaaJ, talB, mog, yaaH genes from bases 1 to 10596
>gi|1786192|gb|AE000112|ECAE000112 Escherichia coli , htgA, yaaI, dnaK, dnaJ, yi81_1, yi82_1

我想在此处提取数字： gi | 1786181 | 和 gi | 1786192 | 并将它们放入x和y变量中。

I want to extract the number here: gi|1786181| and gi|1786192| and put them in x and y variables.

，输出将是： x = 1786181 ， y = 1786192

我试试：

I try:

$x = shell_exec("C:\\cygwin64\\bin\\bash.exe --login -c \" grep -o 'gi\|[0-9]\|'  $file.txt >  $result.txt 2>&1\"");    

没有用。
有什么帮助吗？

It did not work. Any help please?

推荐答案

为什么要使用 grep 贝壳？使用 preg_match（）：

Why use grep through the shell? Use preg_match():

$input = file_get_contents('file.txt');
preg_match("/gi\|([0-9]+)\|/", $input, $matches);

$ matches 会返回如下所示的内容，数组中的第一项包含完整匹配，第二项仅包含您之后的值：

$matches would return something like the following, the first item in the array contains the full match, the second just the values that you're after:

array(
    0 => array(
        "gi|1786181|",
        "gi|1786192|"
    ),
    1 => array(
        "1786181",
        "1786192"
    )
)

无论哪种情况，您都需要指定您需要一个或多个整数：

In either case, you'll need to specify that you require one or more integers:

gi\|([0-9]+)\|

这篇关于提取字符之间的数字 - grep的文章就介绍到这了，希望我们推荐的答案对大家有所帮助，也希望大家多多支持IT屋！