从HDF5文件删除信息
我意识到某个SO用户以前曾问过这个问题但在2009年被问到，我希望能够获得更多关于HDF5的知识，或者较新的版本已解决了该特定问题.在这里重述有关我自己的问题的问题； 我有一个来自大型几何图形的巨大的节点和元素文件，并且已经从中检索了我需要的所有有用信息.因此，在Python中，我试图保留原始文件，但删除不需要的信息，并为其他来源填写更多信息.例如，我有一个不需要的节点数据集.但是，我需要保
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hdf5相关内容
Python熊猫使用read_hdf和HDFStore.select从HDF5文件读取特定值
所以我用一个看起来像这样的简单数据集创建了hdf5文件 >>> pd.read_hdf('STORAGE2.h5', 'table') A B 0 0 0 1 1 1 2 2 2 3 3 3 4 4 4 使用此脚本 import pandas as pd import scipy as sp from pandas.io.pytables import
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Python-快速HDF5时间序列数据查询
我需要对HDF5数据库中特定时间范围内的时间序列数据进行大量连续查询(数据以秒为单位，并不总是“连续的"，我只知道开始和结束时间).因此，我想知道是否有比我当前代码更快的解决方案，它受import pandas as pd from pandas import HDFStore store = HDFStore(pathToStore) dates = pd.date_range(start=st
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在具有500e6行的hdf5 pytable中查找重复项
问题 我有一个很大的数据集(> 500e6行)，已将其放入pytables数据库中. 假设第一列是ID，第二列是每个ID的计数器.每个ID计数器组合必须是唯一的.我要查找的500e6行中有一个非唯一行. 作为初学者，我已经做了类似的事情: index1 = db.cols.id.create_index() index2 = db.cols.counts.create_in
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无法重新安装适用于Python 2.7的PyTables
除2.7之外，我还将安装Python 2.7.当再次为2.7安装PyTables时，出现此错误- 找到已安装的numpy 1.5.1软件包. ..错误::找不到本地HDF5安装. 您可能需要明确说明本地HDF5标头和 可以通过设置HDF5_DIR环境来找到库 变量或使用--hdf5命令行选项. 我对HDF的安装不清楚.我再次下载-并将其复制到/usr/local/hdf5目录.并尝试按
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HDF5存储开销
我正在将大量的小型数据集写入HDF5文件，结果文件大小大约是我对所放入数据的幼稚制表所期望的10倍.我的数据按层次结构进行组织，如下所示: group 0 -> subgroup 0 -> dataset (dimensions: 100 x 4, datatype: float) -> dataset (dimensions: 100, dataty
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PyTables读取随机子集
是否可以从HDF5中读取行的随机子集(通过pyTables或最好是pandas)?我有一个非常大的数据集，其中包含一百万行，但只需要几千个样本就可以进行分析.那么从压缩的HDF文件中读取数据呢? 解决方案 使用HDFStore文档为 0.13支持通过构造索引进行随机访问 In [26]: df = DataFrame(np.random.randn(100,2),columns=['
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将字典保存到文件(numpy和Python 2/3友好)
我想在Python中进行分层键值存储，这基本上可以归结为将字典存储到文件中.我的意思是任何类型的字典结构，都可能包含其他字典，numpy数组，可序列化的Python对象等等.不仅如此，我还希望它存储经过空间优化的numpy数组，并在Python 2和3之间很好地发挥作用. 下面是我知道的方法.我的问题是此列表中缺少什么，还有没有其他方法可以躲避我所有的违规者? Python的pickl
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在python3中使用h5py发现密钥
在python2.7中，我可以分析hdf5个文件密钥的使用情况 $ python >>> import h5py >>> f = h5py.File('example.h5', 'r') >>> f.keys() [u'some_key'] 但是，在python3.4中，我得到了一些不同的东西: $ python3 -q >>> import h5py >>> f = h5py.F
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JNI表现
我们的主程序是用Java编写的，但是从存储中提取数据的代码是用C编写的.我需要从提取的数据中构建一个HDF5文件.使用JNI调用C代码以获取数据，然后从Java构建HDF5文件还是从C代码构建HDF5，会更好吗? 我对JNI或C经验很少. 我们的主要标准之一就是性能.使用JNI会对性能造成多少影响? 解决方案 函数调用边界是“缓慢的"，因此，如果您对本机例程进行了多次调用，则性
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如何使用C ++ API在HDF5文件中创建多值属性
编辑开始 我正在尝试基于本机类型(float，int ...)创建"pair，triplet或n-uplet"属性: 成对的浮点数，三元组的浮点数，n-uplet of floats属性 int对，int三元组，int属性的n-uplet 我不是要创建“数组"属性，我不是要创建“复合"属性 编辑结束 我正在尝试基于本机类型(float，int ...)创建一个属性，
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在bash，R，python或NCL中将hdf5转换为netcdf4?
是否有一种快速简便的方法可以从bash的命令行将HDF5文件转换为netcdf(4)?或者，一个简单的脚本可以在R，NCL或python中自动处理这种转换? 解决方案 使用netcdf-c库，您可以:$ nccopy in.h5 out.nc
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在Windows上使用Intel fortran的HDF5
我想使用Visual Studio 2010在Windows 7上使用intel fortran 2011编译的fortran90程序创建一个HDF5数据集 我可以使用预构建的二进制文件还是如何构建新的二进制文件 解决方案 我的成功归功于High Performance Mark: 这就是我所做的(不确定是否一切必要): 下载并安装cmake 下载并安装HDF5 [Windo
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如何在Windows 10上安装HDF5版本1.10.5
我正在使用pycharm 2019.2，尝试运行此代码时出现以下错误: import nltk import numpy import tflearn import tensorflow import random import json from nltk.stem.lancaster import LancasterStemmer stemmer = LancasterStemmer(
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我可以将自己的类对象存储到hdf5中吗?
我有一个这样的课程: class C: def __init__(self, id, user_id, photo): self.id = id self.user_id = user_id self.photo = photo 我需要创建数百万个此类对象. id和user_id一样是一个整数，但是photo是一个布尔数组，
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使用pytables或pandas删除表或节点后，释放hdf5磁盘内存
我正在将HDFStore与pandas/pytables一起使用. 删除表或对象后，hdf5文件大小保持不变.以后，当添加其他对象来存储时，似乎会重用此空间，但是如果浪费了大空间，这可能是个问题. 我在pandas或pytables API中都没有找到可用于恢复hdf5内存的命令. 您知道有什么机制可以改善hdf5文件中的数据管理吗? 解决方案 请参见这里 您需要p
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HDF5 rowmajor或colmajor
是否可以知道以HDF5格式存储的矩阵是RowMajor还是ColMajor?例如，当我保存八度音阶中的矩阵并将其内部存储为ColMajor时，当我在将矩阵存储在RowMajor中的C代码中读取它们时，需要对它们进行转置. 解决方案 HDF5以行主要顺序存储数据: HDF5使用C存储约定，假定最后列出的维度是变化最快的维度，而第一个列出的维度是变化最快的维度. 摘自《 HDF5用
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R和HDF5故障
我正在尝试将hdf5加载到R中并遇到一些问题.以下是我配置环境的步骤: 在Mac OS X 10.6上 R 2.10.0(x64) 通过MacPorts安装的 hdf5 1.8.3 来自CRAN的 hdf5_1.6.9.tar.gz 我怀疑我所遇到的问题与我的HDF5版本和R模块期望的版本不兼容有关.为了完整起见，这是我安装R模块的方式: R CMD安装--configure
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保存在hdf5save中会创建一个不可读的文件
我正在尝试使用R将数组另存为HDF5文件，但是没有运气. 要尝试诊断问题，我运行了example(hdf5save).这样成功创建了一个HDF5文件，我可以使用h5dump轻松阅读该文件. 当我然后手动运行R代码时，我发现它不起作用.我运行的代码与示例脚本中运行的代码完全相同(除了更改文件名以避免覆盖外).这是代码: (m
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有没有人有在R(Windows OS)中打开hdf文件的经验?
我无法使用R中的hdf文件.我相信R包hdf5是我需要使用这些文件的工具，但安装困难.我收到以下警告: > install.packages("hdf5") Installing package(s) into ‘C:/Users/ME/Documents/R/win-library/2.15’ (as ‘lib’ is unspecified) --- Please select a CR
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