列出HDF5组中的数据集
我决定使用其分层结构将数据存储在HDF5中，而不是依赖于文件系统. 不幸的是，我遇到了性能问题. 我的数据格式如下: 我有大约70个顶级组，分别对应于日期，每个组包含大约8000个数据集. 我想查看每天的数据集数量的列表: for date in hdf5.keys(): print(len(hdf5[date])) 每次迭代需要2秒以上的时间，我感到有些沮丧. 另外，
..
hdf5相关内容
熊猫HDFStore:查询不匹配的字符串时速度较慢
我的问题是，当我尝试查找DataFrame中不包含的字符串(存储在hdf5文件中)时，需要很长时间才能完成查询.例如: 我有一个包含2 * 10 ^ 9行的df.它存储在HDF5文件中.我有一个名为"code"的字符串列，它被标记为"data_column"(因此已被索引). 当我搜索数据集中存在的代码(store.select('df'，'code = valid_code'))时，
..
管理HDF5对象参考
我正在尝试为街景门牌号码(SVHN)数据集加载Mat文件 http://带有以下代码的python中的ufldl.stanford.edu/housenumbers/ import h5py labels_file = './sv/train/digitStruct.mat' f = h5py.File(labels_file) struct= f.values() names = stru
..
如何将大型多维数组部分写入HDF5文件?
我在C#中使用HDF5DotNet，并且有一个非常大的阵列(几个GB)，我想将其写入HDF5文件.它太大了，无法将整个内容存储在内存中，因此我一次要生成它的各个区域并想将它们写出，但是当读出时，它仍然看起来像一个大数组.我知道HDF5可以做到这一点，但是.NET API的文档很少. 我写了一些简短的示例代码，其中包含一个5 x 3的数组，其中填充了值1..15: const int R
..
TypeError:read_hdf()恰好接受2个参数(给定1个)
在不知道键的情况下如何用pandas.read_hdf打开HDF5文件? from pandas.io.pytables import read_hdf read_hdf(path_or_buf, key) pandas.__version__ == '0.14.1' 此处的关键参数未知.谢谢 解决方案 在使用In [59]: # create a temp df and sto
..
熊猫HDF5选择非自然名称列上的位置
在我持续不断的大熊猫/HDF5问题热潮中，我遇到了以下问题: 我有一系列非自然的命名列(nb:由于充分的理由，负数是“系统" id等)，通常不会出现问题: fact_hdf.select('store_0_0', columns=['o', 'a-6', 'm-13']) 但是，我的select语句确实覆盖了它: >>> fact_hdf.select('store_0_0'
..
C扩展(HDF5)中的IO绑定线程的GIL
我有一个采样应用程序，它每秒获取一次 250,000 个样本，将它们缓冲在内存中，并最终附加到pandas提供的HDFStore上.总的来说，这很棒.但是，我有一个线程可以运行并不断清空数据采集设备( DAQ )，它需要定期运行.大约一秒钟的偏差往往会弄坏东西.以下是观察到的时序的极端情况. Start表示DAQ读取开始，Finish表示完成读，IO表示HDF写入(DAQ和IO都发生在单独的线程中
..
HDF5库错误
我正在使用以下 1)VS 2010 C ++ 2)调试Win 32 3)从这里开始的图书馆 http://www.hdfgroup.org/HDF5/release/obtain5.html 基本上，我下载了Windows(32位)编译器:CMake VS 2010 C，C ++，IVF 12，RWDI并安装了它.我试图在我的C ++应用程序中包含示例代码，然后遇到以下问题
..
如何将hdf5添加到Qt项目?
情况: 我需要在我的qt项目中添加一个库(以我的情况为HDF5). 我知道如何为自己的目的编写足够的c ++代码，但是我对.pro文件一无所知.当我尝试使用Google搜索我的问题或添加库的一般指南时，我发现了很多答案，但是却一无所知，因为它们需要的知识比我多.他们说诸如“到处编译"，“将其添加到系统中"，“在目录xyz中使用qmake"之类的东西.有人可以回答这个问题吗，这样一个只懂
..
hdf5设计人员是否解决了与打开.hdf5文件有关的损坏问题?
我正在运行一个代码，该代码将.hdf5文件作为输入(由模拟生成)，然后对其进行分析并生成一些统计信息，并通过运行命令行进行绘制:python3 Collector.py在Fedora 21 Linux的Konsole外壳程序中.在工作目录中的两个分别名为gizmo和utilities的文件夹中，我有很多.py例程. snapshot_index.hdf5文件是从另一台计算机上转移的(使用globu
..
将通过pandas/pytables编写的大型hdf5数据集转换为vaex
我有一个非常大的数据集，我通过如下追加将其分块写入hdf5: with pd.HDFStore(self.train_store_path) as train_store: for filepath in tqdm(filepaths): with open(filepath, 'rb') as file: frame = pickle.loa
..
如何在Keras中将多个NumPy数组提供给深度学习网络?
我有大约13个NumPy数组存储为文件，这些文件在磁盘上大约需要24 GB.每个文件都针对一个主题，并且由两个数组组成:一个包含输入数据(二维矩阵列表，行表示连续时间)，另一个包含数据标签. 我的最终目标是将所有数据提供给我在Keras中编写的深度学习网络，以对新数据进行分类.但是我不知道如何在不耗尽内存的情况下做到这一点. 我已经阅读了Keras的数据生成器，但是找不到适合我的情况的
..
如何通过C或C ++ API获得HDF5数据集的名称?
我正在尝试使用C ++ API读取HDF5数据集的名称.对于H5::Attribute对象，有一个getName()方法.但是，我看不到用于H5:DataSet对象的类似getName()方法. 理想情况下，我想这样做: void Dump(H5::DataSet& ds) { cout
..
如何在python中知道HDF5数据集名称
我想将HDF5文件读入Python并进行一些编码工作. 要在python环境中访问HDF5文件中的数据，您需要HDF5文件的数据集名称.但是，我不知道如何找到数据集名称，我想寻求帮助. def select_HDF_file(self): filename2 = QFileDialog.getOpenFileName(self.dlg, "Select output f
..
在C ++中将HDF5文件读取到动态数组
由于堆栈的大小限制，我正在尝试将大型3D hdf5文件读取到动态数组中.我尝试了几种不同的方法，但由于分段错误而失败.下面是显示我的问题的示例代码.我非常感谢您的帮助！ //This example was based on several examples which came in the c++ examples directory of the hdf5 package. #if
..
将几个hdf5文件合并到一个pytable中
我有几个hdf5文件，每个文件都具有相同的结构.我想通过某种方式合并hdf5文件来从其中创建一个pytable. 我的意思是，如果file1中的数组的大小为x，file2中的数组的大小为y，则pytable中的结果数组的大小将为x + y，首先包含来自file1的所有条目，然后包含所有来自file2的条目. 解决方案 此操作的方式在某种程度上取决于您拥有的数据类型.数组和CArray
..
R hdf5数据集写错了吗?
当我执行以下代码时，我的“预测变量"数据集将正确填充: library(rhdf5) library(forecast) library(sltl) library(tseries) fid
..
对于python，请安装hdf5/netcdf4
在Linux Mint 17.1上执行此操作. 当我尝试时: pip install hdf5 我收到错误 "Could not find a version that satisfies the requirement hdf5 (from versions: ) No matching distribution found for hdf5" 从长远来看，我正在尝
..
hdf5文件转换为pandas dataframe
我下载了一个存储在.h5文件中的数据集. 我只需要保留某些列，并能够处理其中的数据. 为此，我尝试将其加载到pandas数据框中.我尝试使用: pd.read_hdf(path) 但是我得到:No dataset in HDF5 file. 我在SO上找到了答案(将HDF5文件读取到熊猫带有条件的DataFrame )，但我不需要条件，答案添加了有关文件编写方式的条件，但我不
..
HDF5/C ++中存在测试组
我正在打开一个现有的HDF5文件来附加数据；我要确保存在名为/A的组以用于后续访问.我正在寻找一种有条件的创建/A的简便方法(如果不存在，则创建并返回新组，或者返回现有组).一种方法是测试/A存在.我怎样才能有效地做到这一点? 根据API文档，我可以执行以下操作: H5::H5File h5file(filename,H5F_ACC_RDWR); H5::H5Group grp; tr
..