nifti相关内容

如何使用 NiBabel 编写彩色 3D NIfTI?

我用 nibabel 写出 3D 灰度 .nii 文件并在 NIfTI 查看器(Mango、MCicron)中打开它们没有问题.但是,我无法写出 3D 颜色,因为每个 RGB 平面都被解释为不同的体积.例如.输出: 导入 nibabel 作为笔尖将 numpy 导入为 npnifti_path = "/my/local/path"test_stack = (255.0 * np.random.r ..
发布时间:2021-11-25 02:36:21 Python

访问 .zip 存档中的文件而不提取它们

我正在尝试读取 .zip 中的 NIFTI 文件,而无需将该目录解压缩到根目录.更具体地说,我正在使用 ADNI 数据库,并且文件按主题 ID 存储在单独的 .zip 文件中.在 .zip 文件中包含与该主题相关的所有数据,我想从 .zip 中提取 NIFTI 文件 (.nii.gz) 而不提取文件. 目前我有以下代码片段 def openNIFTI(文件名):返回 nib.load(fi ..
发布时间:2021-10-05 19:09:40 Python

在Python 3.7中更改NIFTI的整个图像切片

我实际上正在使用Python处理MRI图像.图像格式为NIFTI格式我了解了如何在x,y或z轴上可视化切片,但是现在,我想对每个切片使用Sobel滤波,并使用这些切片创建新的NIFTI图像. 为此: 我加载了主要的.nii.gz图片(img = nib.load(im_path)) 我以新名称"img_sobel"(img_sobel = nib.load(im_path))再次加载 ..
发布时间:2021-05-15 20:32:03 Python

如何使用NiBabel编写彩色3D NIfTI?

我使用nibabel编写3D灰度.nii文件并在NIfTI查看器(Mango,MCIcron)中打开它们没有问题.但是我无法写出3D颜色,因为每个RGB平面都被解释为不同的体积.例如.的输出: 将nibabel导入为笔尖将numpy导入为npnifti_path ="/我/本地/路径"test_stack =(255.0 * np.random.rand(20,201,202,3)).astyp ..
发布时间:2021-04-02 18:56:19 Python

怎么把Nifti文件转换成Numpy数组?

我在Nifti文件(.ii.gz)中有3D数组,我想将其保存为3D numpy数组.我使用Nibabel将Numpy转换为Nifti1.我可以相反吗? 解决方案 来自 nipy import numpy as np import nibabel as nib img = nib.load(example_filename) a = np.array(img.dataobj) ..
发布时间:2020-05-18 21:05:27 Python

VTK-如何从NIFTI图像读取每个单元的张量/矩阵?

我正在尝试实现基于 VTK 的MRT-DTI实时纤维跟踪可视化工具. 因此,我们需要读取读取张量/每单元矩阵存储在NIFTI图像(.nii)中的我真的不知道该怎么做. 从NIFTI文件中检索单个标量值不是问题,但我不知道如何获取张量(3x3/4x4矩阵). 我们将非常感谢您的帮助! 由于应该将NIFTIImageReader读取张量NIFTI图像作为多分量vtkImage,因此我们尝试 ..
发布时间:2020-05-07 19:39:34 其他开发