sbatch相关内容

Slurm：提交到多个节点时出错("；slurmSted：Error：execve()：Python：没有这样的文件或目录"；)

我有一个bash脚本submit.sh，用于将培训作业提交到Slurm服务器。它的工作原理如下。正在做 bash submit.sh p1 8 config_file 会向分区p1的8个GPU提交一些config_file对应的任务。p1的每个节点都有4个GPU，因此此命令请求2个节点。 submit.sh的内容可以概括如下，其中我使用sbatch提交了一个Slurm脚本(trai ..
发布时间：2022-06-19 13:58:59 其他开发

SLURM `srun` 与 `sbatch` 及其参数

我试图了解 SLURM 的 srun 和 sbatch 命令.我会对一般性的解释感到满意，而不是对以下问题的具体答案，但这里有一些具体的混淆点，可以作为一个起点，让我了解我在寻找什么. 根据文档，srun 用于提交作业，和 sbatch 用于提交作业供以后执行，但我不清楚实际区别，它们的行为似乎相同.例如，我有一个有 2 个节点的集群，每个节点有 2 个 CPU.如果我连续执行 srun t ..
发布时间：2021-12-30 21:43:46 其他开发

循环中使用的 srun: srun:作业步骤中止:等待作业步骤完成最多 32 秒

我有一个 .sh 文件要由 srun 运行，因为我想查看脚本的动态打印输出.但是通过运行 srun job_spinup.sh southfr_exp 1 & 我总是在 2 个主循环后出现错误(由于时间限制错误而超时)......这是 .sh 文件中的主要代码.顺便说一下，我想运行一个 12 个月的模型并循环 20 次(所谓的旋转 20 次).但是错误发生在第二个循环(旋转)的 11 月...这是 ..
发布时间：2021-06-04 18:36:12 服务器开发

如何确保slurm中的python提交脚本位于发出sbatch命令的位置?

我有一个python提交脚本，该脚本使用 slurm 和 sbatch 一起运行: sbatch batch.py 当我这样做时，由于我假设 batch.py​​ 进程未继承正确的环境变量，因此这些操作无法正常工作.因此，它不是从 sbatch 命令执行的地方运行 batch.py​​ ，而是从其他地方运行(我相信是/).我设法通过用bash脚本包装python脚本来解决此问题: #！/ ..
发布时间：2021-04-14 20:33:36 Python

并行执行多个作业时指定SLURM资源

根据此处的答案SLURM中的--ntasks或-n任务有什么作用?一个人可以通过sbatch的 ntasks 参数并随后执行 srun 来并行运行多个作业.问一个后续问题-像这样并行运行作业时，如何指定所需的内存量? 如果说有3个作业并行运行，每个作业需要8G内存，则可以在 sbatch 中指定24G内存(即所有作业的内存总和)，或者不在中指定内存参数> sbatch ，而是为每个 srun ..
发布时间：2021-04-14 20:08:38 其他开发

如果我运行的子作业多于分配的核心数，会发生什么情况

所以我有一个sbatch(slurm作业调度程序)脚本，其中我通过3个脚本处理大量数据:foo1.sh，foo2.sh和foo3.sh. foo1.sh和foo2.sh是独立的，我想同时运行它们. foo3.sh需要foo1.sh和foo2.sh的输出，因此我正在构建依赖项. 然后我必须重复30次. 说: ## Resources config #SBATCH --ntasks= ..
发布时间：2021-02-12 19:28:51 其他开发

使用指定数量的节点启动Slurm阵列作业

我正在尝试使用Slurm版本14.03.0在我们的HPC上对齐168个序列文件.我一次最多只能使用9个计算节点，以使某些节点对其他人开放. 我更改了文件名，以便可以在sbatch中使用数组函数.序列文件如下所示: Sequence1.fastq.gz，Sequence2.fastq.gz，…Sequence168.fastq.gz 我似乎无法弄清楚如何告诉它一次运行全部168个文件.我 ..
发布时间：2020-11-23 22:04:25 其他开发

SLURM是否每个节点提交多个任务?

我发现了一些非常相似的问题，这些问题帮助我得出了一个似乎有效的脚本，但是我仍然不确定我是否完全理解为什么，因此这个问题. 我的问题(示例):在3个节点上，我想在每个节点上运行12个任务(所以总共有36个任务).另外，每个任务都使用OpenMP，并且应使用2个CPU.在我的情况下，一个节点具有24个CPU和64GB内存.我的脚本是: #SBATCH --nodes=3 #SBATCH - ..
发布时间：2020-11-23 22:00:38 其他开发

SLURM sbatch作业数组用于相同的脚本，但具有不同的输入参数并行运行

我有一个问题，我需要启动相同的脚本，但输入参数不同. 说我有一个脚本myscript.py -p -i ，在这里我需要考虑N不同的par_values(在x0和x1之间)和M个试验，分别用于par_values的每个值. 对M的每次试用都几乎达到了我正在研究的集群的时间限制(并且我没有更改它的权限).因此，在实践中，我需要运行NxM个独立的作业 ..
发布时间：2020-07-18 02:42:57 其他开发

SLURM`srun` vs`sbatch`及其参数

我试图了解SLURM的 srun 和 sbatch 命令.我会对一般性的解释感到满意，而不是对以下问题的具体答案感到满意，但这里有一些特定的混淆点，可以作为起点并给出我所寻找的想法. 根据文档，srun用于提交作业，而sbatch是提交作业以供以后执行，但实际区别对我来说还不清楚，而且它们的行为似乎是相同的.例如，我有一个包含2个节点的群集，每个节点具有2个CPU.如果我连续执行5次srun ..
发布时间：2020-05-24 21:02:22 其他开发