biopython相关内容

向生物蟒中的基因组爆炸

from Bio.Blast import NCBIXML from Bio.Blast import NCBIWWW result_handle = NCBIWWW.qblast( "blastn", "nr", "CACTTATTTAGTTAGCTTGCAACCCTGGATTTTTGTTTACTGGAGAGGCC", entrez_query='"Beuten ..

发布时间：2020-09-21 03:34:17 biopython blast genome 其他开发

安装biopython-在注册表中找不到python 3.3

我正在尝试安装biopython以便在Windows7计算机上与Python 3.3一起运行. 我已经下载了biopython可执行文件biopython-1.61.win32-py3.3-beta.exe.但是，当我尝试运行可执行文件时，收到消息“需要Python版本3.3，该文件在注册表中找不到."我的计算机上有Python版本3.3.我已经通过它运行了一个或两个月的程序.它是从文件py ..

发布时间：2020-09-21 03:34:13 python windows-7 registry biopython Python

根据单独文件中的条目从FASTA文件中提取序列

我有两个文件. 文件1:带有基因序列的FASTA文件，其格式如下例所示: >PITG_00002 | Phytophthora infestans T30-4 conserved hypothetical protein (426 nt) ATGCATCGCTCGGGTTCCGCACGGAAAGCCCAAGGTCTGGGATTACGGGGTGGTGGTCGG TTACACTTGGAAT ..

发布时间：2020-09-21 03:34:10 python biopython Python

计算原子坐标之间的距离

我有一个如下所示的文本文件 ATOM 920 CA GLN A 203 39.292 -13.354 17.416 1.00 55.76 C ATOM 929 CA HIS A 204 38.546 -15.963 14.792 1.00 29.53 C ATOM 939 CA ASN A 2 ..

发布时间：2020-09-21 03:34:06 python perl biopython bioperl Python

成对序列比对生物python中的核苷酸分离剂

我的RNA序列包含不同的修饰核苷酸和残基.其中一些例如N79, 8XU, SDG, I. 我想使用biopython的pairwise2.align.localms成对对齐它们.为了准确地说明这些修改后的基数，是否可以将输入不是字符串形式而是列表形式? 什么是正确的技术? 解决方案 Biopython的pairwise2模块适用于字母字符串，该字符串可以是任何东西-例如: ..

发布时间：2020-09-21 03:32:48 bioinformatics biopython 其他开发

搜索具有退化位置的主题

我有一个15-mer核苷酸基序，该基序使用简并的​​核苷酸序列.例如:ATNTTRTCNGGHGCN. 我将搜索一组序列以查找该基序的出现.但是，我的其他序列是精确序列，即它们没有歧义. 我尝试在序列中执行for循环以进行搜索，但是我无法进行非精确搜索.我使用的代码是根据 Biopython食谱上的代码建模的. > for pos,seq in m.instances.search ..

发布时间：2020-09-21 03:30:42 python sequence bioinformatics biopython Python

在三个不同的框架下阅读

因此，我正在尝试创建一个类，该类在三个不同的帧中读取DNA字符串-一个从位置0(或第一个碱基)开始，另一个从位置1(第二个碱基)开始，另一个从位置1开始.从位置2(第三个底端)开始读取.到目前为止，这就是我一直在玩的东西: def codons(self, frame_one, frame_two, frame_three): start = frame_one ..

发布时间：2020-09-21 03:29:37 python bioinformatics biopython fasta dna-sequence Python

AttributeError:使用BioPython解析'str'对象没有属性'id'时，fasta

我正在尝试使用Bio和SeqIO打开包含多个序列的FASTA文件，编辑序列名称以在所有名称的末尾删除".seq"，(> SeqID20.seq应该变为> SeqID20)，然后将所有序列写入新的FASTA文件，但是出现以下错误 AttributeError: 'str' object has no attribute 'id' 这就是我开始的: with open ('lots_o ..

发布时间：2020-09-21 03:21:07 python python-3.x bioinformatics biopython fasta Python

Biopython是否可以执行Seq.find()解决歧义代码

我希望能够在Seq对象中搜索考虑了歧义代码的子序列Seq对象.例如，以下内容应为真: from Bio.Seq import Seq from Bio.Alphabet.IUPAC import IUPACAmbiguousDNA amb = IUPACAmbiguousDNA() s1 = Seq("GGAAAAGG", amb) s2 = Seq("ARAA", amb) # ..

发布时间：2020-09-21 03:18:50 python bioinformatics biopython Python

Biopython:如何避免蛋白质中的特定氨基酸序列来绘制Ramachandran图?

我写了一个Python脚本来绘制泛素蛋白的"Ramachandran图".我正在使用biopython.我正在使用pdb文件.我的脚本如下: import Bio.PDB import numpy as np import matplotlib as mpl import matplotlib.pyplot as plt phi_psi = ([0,0]) phi_psi = np.arr ..

发布时间：2020-09-21 03:16:12 python bioinformatics biopython protein-database Python

在给定比对参数的情况下，是否存在可以计算比对序列得分的功能?

我尝试对已经对齐的序列评分. 让我们说 seq1 = 'PAVKDLGAEG-ASDKGT--SHVVY----------TI-QLASTFE' seq2 = 'PAVEDLGATG-ANDKGT--LYNIYARNTEGHPRSTV-QLGSTFE' 具有给定参数 substitution matrix : blosum62 gap open penalty : -5 gap ..

发布时间：2020-09-21 03:12:06 python bioinformatics biopython Python

具有仿射间隙罚分的Smith-Wateman算法中的追溯

我正在尝试使用仿射间隙罚分函数实现Smith-Waterman算法以进行局部序列比对.我想我了解如何初始化和计算计算比对分数所需的矩阵，但是对于如何追溯然后找到比对却一无所知.要生成所需的3个矩阵，我需要以下代码 for j in range(1, len2): for i in range(1, len1): fxOpen = F[i][j-1] + gap ..

发布时间：2020-09-21 03:12:02 python bioinformatics biopython sequence-alignment Python

使用str.translate()从DNA到RNA

我正在尝试使用Python将DNA代码转换为RNA代码... 我这样写: print('Digite a sequência DNA a ser transcrita para RNA:') my_str = raw_input() print(my_str.replace('T', 'U')) 它有效，但是..现在我需要将 A转换为U ， T转换为A ， G转换为C 和 C到G ..

发布时间：2020-09-21 03:11:43 python bioinformatics biopython Python

如何使用python编程将一组DNA序列转换为蛋白质序列?

我正在使用python创建一个程序，该程序将一组DNA序列转换为氨基酸(蛋白质)序列.然后，我需要找到一个特定的子序列，并计算存在该特定子序列的序列数.这是我到目前为止的代码: #Open cDNA_sequences file and read in line by line with open('cDNA_sequences.csv', 'r') as results: for ..

发布时间：2020-09-21 03:11:25 python python-3.x bioinformatics biopython dna-sequence Python

在fasta.gz上的SeqIO.parse

编码新手. Pytho/biopython的新手；这是我有史以来第一个在线问题. 如何打开压缩的fasta.gz文件以提取信息并在函数中执行计算.这是我正在尝试做的简化示例(我尝试了不同的方式)以及错误是什么.我正在使用的gzip命令似乎不起作用. with gzip.open("practicezip.fasta.gz", "r") as handle: for record in S ..

发布时间：2020-09-21 03:11:21 python bioinformatics biopython gzip Python

当我从网上运行CGI脚本时，为什么python无法找到某些模块?

我不知道这里可能是什么问题 我有一些来自Biopython的模块，当使用交互式提示或通过命令行执行python脚本时，可以轻松导入这些模块. 问题是，当我尝试在可通过网络执行的cgi脚本中导入相同的biopython模块时，出现“导入错误" :否 名为Bio 的模块 这里有什么想法吗? 解决方案 有以下两种可能性: Apache(在Unix上)通常以不同的用户身 ..

发布时间：2020-09-21 03:04:26 python cgi bioinformatics biopython Python

删除重复的Fasta序列(biopython方法的重击)

你好，我有一个Fasta文件，例如: >sequence1_CP [seq virus] MQCKSGTNNVFTAIKYTTNNNIIYKSENNDNIIFTKNIFNVVTTKDAFIFSKNRGIMNL DITKKFDYHEHRPKLCVFKIINTQYVNSPEKMIDAWPTMDIVALITE >sequence2 [virus] MQCKSGTNNVFTAIKYTTNNNII ..

发布时间：2020-09-18 23:40:22 bash biopython fasta 其他开发

biopython没有名为Bio的模块

仅供参考:这不是重复的！ 在运行我的python代码之前，我在cmd提示符下安装了biopython: pip install biopython 当我尝试将其导入python时，我收到一条错误消息，提示“没有名为Bio的模块" import Bio 同一件事发生在 import biopython 应该注意，我已经更新了PIP并运行python 3. ..

发布时间：2020-08-05 21:05:03 python python-3.x pip bioinformatics biopython Python

Biopython SeqIO转Pandas数据框

我有一个FASTA文件，可以很容易地通过 SeqIO.parse 进行解析. 我对提取序列ID和序列长度感兴趣.我用这些行来做，但是我感觉太沉重了(两次迭代，转换等) from Bio import SeqIO import pandas as pd # parse sequence fasta file identifiers = [seq_record.id for seq_r ..

发布时间：2020-05-24 01:49:29 python pandas biopython fasta Python

将输出存储到FASTA文件

from Bio import SeqIO from Bio import SeqRecord from Bio import SeqFeature for rec in SeqIO.parse("C:/Users/Siva/Downloads/sequence.gp","genbank"): if rec.features: for feature in r ..

发布时间：2020-05-22 20:22:15 python-3.x output biopython 其他开发