biopython 第2页 - IT屋-程序员软件开发技术分享社区

使用BioPython读取.pdb文件的整个目录

我最近受命用python编写程序，以从.pdb(蛋白质数据库)的蛋白质中找到距每种金属2埃以内的原子.这是我为此编写的脚本. from Bio.PDB import * parser = PDBParser(PERMISSIVE=True) def print_coordinates(list): neighborList = list for y in neighborL ..

发布时间：2020-09-21 03:41:20 python biopython pdb Python

Python:如何使用二进制值编码DNA序列?

我想将包含少量DNA序列的文件转换为二进制值，如下所示: A=1000 C=0100 G=0010 T=0001 FileA.txt CCGAT GCTTA 所需的输出 01000100001010000001 00100100000100011000 我尝试使用此代码解决问题，但是bin输出文件似乎无法输出所需的答案.谁能帮我吗? 代码 import s ..

发布时间：2020-09-21 03:41:19 python encoding sequence bioinformatics biopython Python

从PDB中除去杂原子

必须删除pdb文件中的杂原子.这是代码，但不适用于我的测试PDB 1C4R. for model in structure: for chain in model: for reisdue in chain: id = residue.id if id[0] != ' ': chain.d ..

发布时间：2020-09-21 03:40:16 python biopython protein-database Python

从文件中提取特定数据并将其写入另一个文件

我在此标记了python和perl只是因为到目前为止，我一直在使用它.如果有人知道解决此问题的更好方法，我当然愿意尝试一下.无论如何，我的问题: 我需要为遵循以下格式的基因预测程序创建一个输入文件: seq1 5 15 seq1 20 34 seq2 50 48 seq2 45 36 seq3 17 20 其中seq#是GeneID，右边的数字是开放阅读框中外显子的位置.现在， ..

发布时间：2020-09-21 03:40:13 python perl biopython Python

如何计算Fasta文件中dna序列的熵

我需要计算Fasta文件中从10000到11000的dna序列的熵这就是我所知道的，但是我需要计算第10,000至11,000个碱基之间的序列的熵. from math import log def logent(x): if x ..

发布时间：2020-09-21 03:40:11 biopython 其他开发

如何仅选择某些子字符串

从一个字符串说dna ='ATAGGGATAGGGAGAGAGAGCGATCGAGCTAG' 我得到了子字符串说dna.format ='ATAGGGATAG'，'GGGAGAGAG' 我只想打印长度可被3整除的子字符串怎么做?即时通讯使用模，但无法正常工作！ import re if mydna = 'ATAGGGATAGGGAGAGAGCAGATCGAGCTAG' print re.f ..

发布时间：2020-09-21 03:39:05 python biopython Python

解析GenBank文件

基本上，GenBank文件由基因条目(由"gene"宣布，然后是其对应的"CDS"条目(每个基因只有一个))组成，就像我在下面显示的两个一样.制表符分隔的两列文件，'gene'和'CDS'始终在其前后，如果使用可以使用的工具可以轻松地执行此任务，请告诉我. 输入文件: gene complement(8972..9094) /l ..

发布时间：2020-09-21 03:39:02 perl awk biopython bioperl 其他开发

在Biopython中使用搜索字词返回登录号

我正在尝试将Biopython(Entrez)与搜索项一起使用，这些搜索项将返回登录号(而不是GI *). 这是我的代码的一小部分摘录: from Bio import Entrez Entrez.email = 'myemailaddress' search_phrase = 'Escherichia coli[organism]) AND (complete genome[key ..

发布时间：2020-09-21 03:38:58 python biopython Python

按命中位置对rps-blast结果进行排序

我从biopython开始，我对解析结果有疑问.我使用了教程参与进来在这里，这是我使用的代码: from Bio.Blast import NCBIXML for record in NCBIXML.parse(open("/Users/jcastrof/blast/pruebarpsb.xml")): if record.alignments: print "Que ..

发布时间：2020-09-21 03:38:55 parsing sorting biopython blast 其他开发

Biopython错误-系统找不到指定的文件

我遇到了无法解决的错误. 我正在尝试执行一组最简单的命令，这些命令将执行tBLASTn算法，在数据库(也指定为文件-> cucumber.fasta)中寻找序列(指定为"pytanie.fasta"文件的序列).结果将保存在"wynik.txt"文件中. 代码如下: from Bio.Blast. Applications import NcbitblastnCommandli ..

发布时间：2020-09-21 03:38:51 python eclipse pydev biopython Java开发

将数据帧转换为带计数的矩阵

我的数据文件的结构如下: OTU1 PIA0 1120 OTU2 PIA1 2 OTU2 PIA3 6 OTU2 PIA4 10 OTU2 PIA5 1078 OTU2 PIN1 24 OTU2 PIN2 45 OTU2 PIN3 261 OTU2 PIN4 102 OTU3 P ..

发布时间：2020-09-21 03:38:48 r biopython reshape2 parser-combinators 其他开发

Errno 13我不想使用的目录上的Django拒绝了权限

我的生产服务器上的Django应用中出现此错误: [Errno 13]权限被拒绝:'/var/www/.config' 我从没问过要在我的代码中访问这个不存在的文件或目录.该服务器正在我的httpd.conf中定义的其他目录中运行，并且我尚未在Django设置中定义任何/var/www/元素的使用. 在我的情况下，我将biopython库与Django一起使用: from ..

发布时间：2020-09-21 03:38:46 python django apache python-3.x biopython 服务器开发

类型对象"RestrictionType"没有属性"size"

我今天遇到了这个问题，想提出来看看是否有人看过它.搜索Google/SO/Biostars并没有帮助我. 我正在运行一个简单的限制性分析(针对随机生成的“基因组")，并得到此错误.如果我单独寻找带有酶的切割位点，则每种酶都适用.但是，当我将它们放入RestrictionBatch时，在类上出现错误: type object 'RestrictionType' has no attrib ..

发布时间：2020-09-21 03:37:44 python biopython Python

我有一个fasta文件.从该文件中，我需要获取序列末尾和/或开头仅包含GTACAGTAGG和CAACGGTTTTGCC的序列，并将它们放入新的fasta文件中.所以这是一个例子: >m121012_054644_42133_c100390582550000001523038311021245_s1_p0/7/2516_3269 ***GTACAGTAGG***GTACACACAGAACGCG ..

发布时间：2020-09-21 03:37:40 python biopython fasta Python

使用biopython将dna对齐转换为numpy数组

我有几个已比对的DNA序列，我只想在特定位置保留可变碱基. 如果我们首先将对齐方式转换为数组，则可以完成此操作.我尝试使用Biopython教程中的代码，但出现错误. import numpy as np from Bio import AlignIO alignment = AlignIO.parse("ma-all-mito.fa", "fasta") align_array = ..

发布时间：2020-09-21 03:37:36 python numpy biopython Python

如何在目录中的多个文件上传递Biopython SeqIO.convert()?

我正在编写一个python脚本(2.7版)，它将指定目录中的每个输入文件(.nexus格式)更改为.fasta格式. Biopython模块SeqIO.convert可以完美地处理单个指定文件的转换，但是当我尝试使用os.walk通过目录自动执行该过程时，我无法正确地将每个输入文件的路径名传递给SeqIO.convert.我要去哪里错了?我是否需要使用os.path模块中的join()并将完整路径 ..

发布时间：2020-09-21 03:37:35 python biopython os.walk Python

在Ipython Shell中更新Biopython

python新手，今天，我将biopython更新为v1.70.我的大部分工作都使用spyder/IPython shell.如果有任何意义，似乎在python控制台(spyder)和Windows命令终端python安装中都更新了biopython的版本，但是IPython控制台仍在显示旧版本.是否应该单独更新，如果是，则如何更新.感谢您的回答. 解决方案对于Windows上的Anac ..

发布时间：2020-09-21 03:36:32 python-3.x spyder biopython 其他开发

如何使用具有特定步长的窗口提取短序列?

下面的代码在窗口大小为4的每个序列中提取短序列.如何将窗口移位2步长并提取4个碱基对? 示例代码 from Bio import SeqIO with open("testA_out.fasta","w") as f: for seq_record in SeqIO.parse("testA.fasta", "fasta"): i = 0 ..

发布时间：2020-09-21 03:35:27 python extract extraction biopython fasta Python

NCBI的新RefSeq版本与Bio.Entrez.Parser兼容吗?

我是python的新手，尤其是Biopython.我正在尝试使用Entrez.efetch从XML文件中获取一些信息，然后再读取它.上周，该脚本运行良好: handle = Entrez.efetch(db="Protein", id="YP_008872780.1", retmode="xml") records = Entrez.read(handle) 但是现在我遇到一个错误: ..

发布时间：2020-09-21 03:35:24 python xml dtd biopython ncbi Python

返回外部函数

Hii我在Biopython中遇到以下错误:函数外部“返回"(文件名..第26行) 下面是myfile的代码请帮助 # File Name RandonProteinSequences.py # standard library import os import random # biopython from Bio.Seq import Seq from Bio.Alphabet im ..

发布时间：2020-09-21 03:35:19 python biopython Python

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