如何使用R删除值为0的行 [英] How to remove rows with 0 values using R

问题描述

我正在使用基因表达矩阵，通过碎片计数来计算差异表达的基因.我想知道如何删除值为0的行.然后，我的数据集将变得紧凑，而对于使用此矩阵进行的下游分析，杂散结果将更少.

输入

gene    ZPT.1   ZPT.0   ZPT.2   ZPT.3   PDGT.1  PDGT.0
XLOC_000001 3516    626 1277    770 4309    9030
XLOC_000002 342 82  185 72  835 1095
XLOC_000003 2000    361 867 438 454 687
XLOC_000004 143 30  67  37  90  236
XLOC_000005 0   0   0   0   0   0
XLOC_000006 0   0   0   0   0   0
XLOC_000007 0   0   0   0   1   3
XLOC_000008 0   0   0   0   0   0
XLOC_000009 0   0   0   0   0   0
XLOC_000010 7   1   5   3   0   1
XLOC_000011 63  10  19  15  92  228

所需的输出

gene    ZPT.1   ZPT.0   ZPT.2   ZPT.3   PDGT.1  PDGT.0
XLOC_000001 3516    626 1277    770 4309    9030
XLOC_000002 342 82  185 72  835 1095
XLOC_000003 2000    361 867 438 454 687
XLOC_000004 143 30  67  37  90  236
XLOC_000007 0   0   0   0   1   3
XLOC_000010 7   1   5   3   0   1
XLOC_000011 63  10  19  15  92  228

到目前为止，如果在任何行中某些值均为0而其他值不为零，那么我只想删除所有碎片计数列均为0的那些行，如您在上面的示例中所见，我想保持该行的完整性.

请让我知道该怎么做.

解决方案

df[apply(df[,-1], 1, function(x) !all(x==0)),]

Hi am using a matrix of gene expression, frag counts to calculate differentially expressed genes. I would like to know how to remove the rows which have values as 0. Then my data set will be compact and less spurious results will be given for the downstream analysis I do using this matrix.

Input

gene    ZPT.1   ZPT.0   ZPT.2   ZPT.3   PDGT.1  PDGT.0
XLOC_000001 3516    626 1277    770 4309    9030
XLOC_000002 342 82  185 72  835 1095
XLOC_000003 2000    361 867 438 454 687
XLOC_000004 143 30  67  37  90  236
XLOC_000005 0   0   0   0   0   0
XLOC_000006 0   0   0   0   0   0
XLOC_000007 0   0   0   0   1   3
XLOC_000008 0   0   0   0   0   0
XLOC_000009 0   0   0   0   0   0
XLOC_000010 7   1   5   3   0   1
XLOC_000011 63  10  19  15  92  228

Desired output

gene    ZPT.1   ZPT.0   ZPT.2   ZPT.3   PDGT.1  PDGT.0
XLOC_000001 3516    626 1277    770 4309    9030
XLOC_000002 342 82  185 72  835 1095
XLOC_000003 2000    361 867 438 454 687
XLOC_000004 143 30  67  37  90  236
XLOC_000007 0   0   0   0   1   3
XLOC_000010 7   1   5   3   0   1
XLOC_000011 63  10  19  15  92  228

As of now I only want to remove those rows where all the frag count columns are 0 if in any row some values are 0 and others are non zero I would like to keep that row intact as you can see my example above.

Please let me know how to do this.

解决方案

df[apply(df[,-1], 1, function(x) !all(x==0)),]

这篇关于如何使用R删除值为0的行的文章就介绍到这了，希望我们推荐的答案对大家有所帮助，也希望大家多多支持IT屋！