安装并使用RPy2（使用conda），以便它在/ usr / lib / R R中使用默认的R安装。 [英] Install and use RPy2 (using conda) so that it uses default R installation in /usr/lib/R R
问题描述
我想使用RPy2从Python的R包中调用函数。我使用conda安装了RPy2，并意识到它在conda内安装了R的新副本...我不想要那样。我只想拥有一个R，并在/ usr / lib / R中使用默认的R。
I want to call functions from my R packages in Python using RPy2. I installed RPy2 using conda and realized it installed a fresh copy of R inside conda... I don't want that. I just want to have and use one R, the default one in /usr/lib/R.
该怎么做？如何强制conda以及Python和RPy2使用/ usr / lib / R中安装的默认R？
How to do that? How to force conda and Python and RPy2 to use default R installed in /usr/lib/R?
推荐答案
conda instal 安装rpy2，只需使用 pip install rpy2 。以下是您可能需要在rpy2之前安装的一些其他软件包：
Do not use the conda instal to install the rpy2, just use the pip install rpy2. Here are some additional packages you may need to install before the rpy2:
conda install -y PyHamcrest
sudo apt-get install -y libreadline6-dev
pip install rpy2
一些注意事项：
- pip 应该指向anaconda路径的
- 在安装
rpy2 -
之后，应正确设置R的环境变量（R_HOME和PATH）。 ，调用
import rpy2.robjects作为robjects：
- The
which pipshould refer to anaconda's path - The environment variable for R (R_HOME and PATH) should be properly set up before you install the
rpy2 After the installation, you may encounter an error when calling
import rpy2.robjects as robjects:
RRuntimeWarning：错误：包或名称空间时，您可能会遇到错误dyn.load（文件，DLLpath = DLLpath，...）中的 stats加载失败：
无法加载共享对象 /usr/local/lib/R/library/stats/libs/stats.so '：
libRlapack.so：无法打开共享的对象文件：无此类文件或目录
RRuntimeWarning: Error: package or namespace load failed for ‘stats’ in dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...): unable to load shared object '/usr/local/lib/R/library/stats/libs/stats.so': libRlapack.so: cannot open shared object file: No such file or directory
为此，我在我如何解决该错误-libRlapack.so：无法打开共享对象文件：没有这样的文件或目录
您需要找到您的 libRlapack.so 文件（在我的情况下，该文件位于 / usr / local / lib / R / lib / ），或以下命令应显示此文件的路径：
You need to locate your libRlapack.so file (in my case this file is in /usr/local/lib/R/lib/), or the following command should show the path to this file:
R CMD ldd /usr/local/lib/R/library/stats/libs/stats.so
，然后编写此路径到 /etc/ld.so.conf.d/libR.conf ，然后运行 ldconfig ：
and then write this path to the /etc/ld.so.conf.d/libR.conf and then run ldconfig:
echo "/usr/local/lib/R/lib/" >> /etc/ld.so.conf.d/libR.conf && ldconfig
这应该可以解决问题。
这篇关于安装并使用RPy2（使用conda），以便它在/ usr / lib / R R中使用默认的R安装。的文章就介绍到这了，希望我们推荐的答案对大家有所帮助，也希望大家多多支持IT屋！
