尽管输出文件已存在，Snakemake仍要运行作业 [英] Snakemake wants to run job although output file already exists

问题描述

我有一个工作流，首先从公共数据库下载文件，然后在后续步骤中处理这些文件以创建多个聚合数据表。

我正在没有Internet连接的计算机上测试工作流。我在另一台机器上运行了初步的数据下载步骤，并将它们复制到这台机器上，现在我正在尝试运行工作流的其余部分。当我运行snakemake -np时，它报告所有数据下载作业仍然需要完成，即使目标文件已经存在。我甚至在后续处理规则中将这些文件标记为ancient()，但这无济于事。

我如何才能使Snakemake相信不需要重新运行这些作业？

推荐答案

标志--reasonprints the reason for each executed rule。

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