- [R扩展在C，设置矩阵的行/列名 [英] R extension in C, setting matrix row/column names

问题描述

我正在写的R包在C操纵矩阵目前，矩阵返回至R具有用于行/列名的数字。修改C中的对象时，我宁愿我的分配自己的行/列名

我GOOGLE了周围约一小时，但还没有找到一个好的解决办法呢。我发现的最接近的是dimnames，但我想说出每一列，而不仅仅是两个维度。矩阵得到比4x4的大，下面是我所想要做的只是一个小例子。

的行数为4 ^ x，其中X是行名的长度

 当前
     [1] [2] [3] [，4]
[1，] 0.20 0.00 0.00 0.80
[2，] 0.25 0.25 0.25 0.25
[3，] 0.25 0.25 0.25 0.25
[4，] 1.00 0.00 0.00 0.00
[5，] 0.20 0.00 0.00 0.80
[6，] 0.25 0.25 0.25 0.25
[7，] 0.25 0.25 0.25 0.25
[8，] 1.00 0.00 0.00 0.00
[9] 0.20 0.00 0.00 0.80
[10，] 0.25 0.25 0.25 0.25
[11，] 0.25 0.25 0.25 0.25
[12] 1.00 0.00 0.00 0.00
[13] 0.20 0.00 0.00 0.80
[14，] 0.25 0.25 0.25 0.25
[15，] 0.25 0.25 0.25 0.25
[16，] 1.00 0.00 0.00 0.00期望
     [A] [C] [G] [T]
 [AA] 0.20 0.00 0.00 0.80
 [AC] 0.25 0.25 0.25 0.25
 [公司] 0.25 0.25 0.25 0.25
 [AT] 1.00 0.00 0.00 0.00
 [CA] 0.20 0.00 0.00 0.80
 [CC] 0.25 0.25 0.25 0.25
 [CG] 0.25 0.25 0.25 0.25
 [CT] 1.00 0.00 0.00 0.00
 [GA] 0.20 0.00 0.00 0.80
 [GC] 0.25 0.25 0.25 0.25
 [GG] 0.25 0.25 0.25 0.25
 [GT] 1.00 0.00 0.00 0.00
 [TA] 0.20 0.00 0.00 0.80
 [TC] 0.25 0.25 0.25 0.25
 [TG] 0.25 0.25 0.25 0.25
 [TT] 1.00 0.00 0.00 0.00
 

解决方案

随着吉姆说，这是很容易在河做我路过的名称到C函数通过南参数。

 的#include＆LT; Rinternals.h＆GT;
SEXP myMat（SEXP NAM）{
  / * PRINTVALUE（NAM）; * /
  答SEXP，dimnames;
  PROTECT（ANS = allocMatrix（REALSXP，长度（NAM），长度（NAM）））;
  保护（dimnames = allocVector（VECSXP，2））;
  SET_VECTOR_ELT（dimnames，0，NAM）;
  SET_VECTOR_ELT（dimnames，1，NAM）;
  setAttrib（通过ANS，R_DimNamesSymbol，dimnames）;
  不保护（2）;
  返回（ANS）;
}
 

如果你把code在一个名为 myMat.c ，您可以通过以下线路进行测试。我使用Ubuntu，所以你必须修改 myMat.so 到 myMat.dll 如果你是Windows操作系统。

 研究CMD SHLIB myMat.c
RSCRIPT -e'dyn.load（myMat.so）; .CALL（myMat，C（A，C，G，T））'
 

I'm writing an R package that manipulates Matrices in C. Currently, the matrices returned to R have numbers for the row/column names. I would rather assign my own row/column names when modifying the object in C.

I've googled around for about an hour, but haven't found a good solution yet. The closest I've found is dimnames, but I want to name each column, not just the two dimensions. The matrices get larger than 4x4, below is just a small example of what I want to do.

The number of rows is 4^x where X is the length of the row name

Current
     [,1] [,2] [,3] [,4]
[1,] 0.20 0.00 0.00 0.80
[2,] 0.25 0.25 0.25 0.25
[3,] 0.25 0.25 0.25 0.25
[4,] 1.00 0.00 0.00 0.00
[5,] 0.20 0.00 0.00 0.80
[6,] 0.25 0.25 0.25 0.25
[7,] 0.25 0.25 0.25 0.25
[8,] 1.00 0.00 0.00 0.00
[9,] 0.20 0.00 0.00 0.80
[10,] 0.25 0.25 0.25 0.25
[11,] 0.25 0.25 0.25 0.25
[12,] 1.00 0.00 0.00 0.00
[13,] 0.20 0.00 0.00 0.80
[14,] 0.25 0.25 0.25 0.25
[15,] 0.25 0.25 0.25 0.25
[16,] 1.00 0.00 0.00 0.00

Desired
     [A] [C] [G] [T]
 [AA] 0.20 0.00 0.00 0.80
 [AC] 0.25 0.25 0.25 0.25
 [AG] 0.25 0.25 0.25 0.25
 [AT] 1.00 0.00 0.00 0.00
 [CA] 0.20 0.00 0.00 0.80
 [CC] 0.25 0.25 0.25 0.25
 [CG] 0.25 0.25 0.25 0.25
 [CT] 1.00 0.00 0.00 0.00
 [GA] 0.20 0.00 0.00 0.80
 [GC] 0.25 0.25 0.25 0.25
 [GG] 0.25 0.25 0.25 0.25
 [GT] 1.00 0.00 0.00 0.00
 [TA] 0.20 0.00 0.00 0.80
 [TC] 0.25 0.25 0.25 0.25
 [TG] 0.25 0.25 0.25 0.25
 [TT] 1.00 0.00 0.00 0.00

解决方案

As Jim said, this is much easier to do in R. I'm passing the names into the C function via the nam argument.

#include <Rinternals.h>
SEXP myMat(SEXP nam) {
  /*PrintValue(nam);*/
  SEXP ans, dimnames;
  PROTECT(ans = allocMatrix(REALSXP, length(nam), length(nam)));
  PROTECT(dimnames = allocVector(VECSXP, 2));
  SET_VECTOR_ELT(dimnames, 0, nam);
  SET_VECTOR_ELT(dimnames, 1, nam);
  setAttrib(ans, R_DimNamesSymbol, dimnames);
  UNPROTECT(2);
  return(ans);
}

If you put that code in a file called myMat.c, you can test it via the line below. I'm using Ubuntu, so you will have to change myMat.so to myMat.dll if you're on Windows.

R CMD SHLIB myMat.c
Rscript -e 'dyn.load("myMat.so"); .Call("myMat", c("A","C","G","T"))'

这篇关于 - [R扩展在C，设置矩阵的行/列名的文章就介绍到这了，希望我们推荐的答案对大家有所帮助，也希望大家多多支持IT屋！