将距离矩阵转换并保存为特定格式 [英] Convert and save distance matrix to a specific format

问题描述

我得到一个包含以下步骤的距离矩阵：

  x<  -  read.table（textConnection（'
 t0 t1 t2 
 aaa 0 1 0 
 bbb 1 0 1 
 ccc 1 1 1 
 ddd 1 1 0 
'），header = TRUE）
  

因为 x

  t0 t1 t2 
 aaa 0 1 0 
 bbb 1 0 1 
 ccc 1 1 1 
 ddd 1 1 0 
 
 require（vegan）
d<  -  vegdist（x，method =jaccard）
  
 
 
 
距离矩阵d如下所示：
  aaa bbb ccc 
 bbb 1.0000000 
 ccc 0.6666667 0.3333333 
 ddd 0.5000000 0.6666667 0.3333333 
  
通过键入str（d），我发现它不是一个普通的表或csv格式。
  dist'atomic [1：6] 1 0.667 0.5 0.333 0.667 ... 
 ..- attr（*，Size）= int 4 
 ..- attr chr [1：4]aaabbbcccddd
 ..- attr（*，Diag）= logi FALSE 
 ..- attr ）= logi FALSE 
 ..- attr（*，method）= chrjaccard
 ..- attr（*，call）= language vegdist（x = a，method = jaccard）
  
我想将距离矩阵转换为带有新标题的3列，并将其保存为csv文件如下：
  c1 c2 distance 
 aaa bbb 1.000 
 aaa ccc 0.6666667 
 aaa ddd 0.5 
 bbb ccc 0.3333333 
 bbb ddd 0.6666667 
 ccc ddd 0.3333333 
  
 
 
解决方案
这是非常可行的使用基本R函数。首先，我们希望行的所有成对组合填充结果对象中的列 c1 和 c2 。最后一列 distance 是通过简单地转换dist object  d 到一个数字向量（它已经是一个向量，但是不同的类）。
 
 
 
第一步使用 combn rownames（x），2），第二步通过 as.numeric（d）：
 
 $ b b 
  m < -  data.frame（t（combn（rownames（x），2）），as.numeric（d））
 names ;  -  c（c1，c2，distance）
  
 p> 
 
 
 > m 
 c1 c2 distance 
 1 aaa bbb 1.0000000 
 2 aaa ccc 0.6666667 
 3 aaa ddd 0.5000000 
 4 bbb ccc 0.3333333 
 5 bbb ddd 0.6666667 
 6 ccc ddd 0.3333333 
  
要保存为CSV文件，请输入 csv（m，file =filename.csv）。
 
I got a distance matrix with the following steps:
x <- read.table(textConnection('
     t0 t1 t2
 aaa  0  1  0
 bbb  1  0  1
 ccc  1  1  1
 ddd  1  1  0
 ' ), header=TRUE)
As such x is a data frame with column and row headers
    t0 t1 t2
aaa  0  1  0
bbb  1  0  1
ccc  1  1  1
ddd  1  1  0

require(vegan)
d <- vegdist(x, method="jaccard")
The distance matrix d is obtained as follows:
          aaa       bbb       ccc
bbb 1.0000000                    
ccc 0.6666667 0.3333333          
ddd 0.5000000 0.6666667 0.3333333
By typing str(d), I found it is not a ordinary table nor csv format.
Class 'dist'  atomic [1:6] 1 0.667 0.5 0.333 0.667 ...
  ..- attr(*, "Size")= int 4
  ..- attr(*, "Labels")= chr [1:4] "aaa" "bbb" "ccc" "ddd"
  ..- attr(*, "Diag")= logi FALSE
  ..- attr(*, "Upper")= logi FALSE
  ..- attr(*, "method")= chr "jaccard"
  ..- attr(*, "call")= language vegdist(x = a, method = "jaccard")
I want to covert the distance matrix to a 3 columns with new headers and save it as a csv file as follows:
c1  c2  distance
aaa bbb 1.000
aaa ccc 0.6666667
aaa ddd 0.5
bbb ccc 0.3333333
bbb ddd 0.6666667
ccc ddd 0.3333333

解决方案
This is quite doable using base R functions. First we want all pairwise combinations of the rows to fill the columns c1 and c2 in the resulting object. The final column distance is achieved by simply converting the "dist" object d into a numeric vector (it already is a vector but of a different class).

The first step is done using combn(rownames(x), 2) and the second step via as.numeric(d):
m <- data.frame(t(combn(rownames(x),2)), as.numeric(d))
names(m) <- c("c1", "c2", "distance")
Which gives:
> m
   c1  c2  distance
1 aaa bbb 1.0000000
2 aaa ccc 0.6666667
3 aaa ddd 0.5000000
4 bbb ccc 0.3333333
5 bbb ddd 0.6666667
6 ccc ddd 0.3333333
To save as a CSV file, write.csv(m, file = "filename.csv").

                        
这篇关于将距离矩阵转换并保存为特定格式的文章就介绍到这了，希望我们推荐的答案对大家有所帮助，也希望大家多多支持IT屋！