用子字符串替换数据帧的rownames [英] Replacing rownames of data frame by a sub-string

问题描述

我有一个大的数据框（名为test）不同的rownames。

 > rownames（test）
 [1]U2OS.EV.2.7.9U2OS.PIM.2.7.9U2OS.WDR.2.7.9U2OS.MYC.2.7.9
 [5]U2OS.OBX.2.7.9U2OS.EV.18.6.9U2O2.PIM.18.6.9U2OS.WDR.18.6.9
 [9]U2OS。 MYC.18.6.9U2OS.OBX.18.6.9X1.U2OS ... OBXX2.U2OS ... MYC
 [13]X3.U2OS ... WDR82 X4.U2OS ... PIMX5.U2OS ... EVexp1.U2OS.EV
 [17]exp1.U2OS.MYCEXP1.U20S..PIM1EXP1.U2OS .WDR82EXP1.U20S.OBX
 [21]EXP2.U2OS.EVEXP2.U2OS.MYCEXP2.U2OS.PIM1EXP2.U2OS.WDR82
 [ 25]EXP2.U2OS.OBX
  

如您所见，部分行名称相同的部分名称。例如，每一行名称都是 MYC 我想将整个行名更改为MYC。总体而言，行名称包含5个因素： MYC ， EV ， PIM ， WDR 和 OBX 。

解决方案

正如@teucer指出的那样，你不能有重复的行名。相反，您在数据框架中创建一个新列，并使用简单的正则表达式来提取您的因素。例如，

  ##您的行名称
x = c（U2OS.EV.2.7.9， U2OS.PIM.2.7.9，U2OS.WDR.2.7.9，U2OS.MYC.2.7.9，
U2OS.OBX.2.7.9，U2OS.EV.18.6。 9，U2O2.PIM.18.6.9，U2OS.WDR.18.6.9，
U2OS.MYC.18.6.9，U2OS.OBX.18.6.9，X1。 U2OS ... OBX，X2.U2OS ... MYC）
 
 test $ rnames = gsub（。*（MYC | EV | PIM | WDR | OBX） \\1，x）
  

I have a large dataframe (named test) with different rownames.

> rownames(test)
[1] "U2OS.EV.2.7.9"   "U2OS.PIM.2.7.9"  "U2OS.WDR.2.7.9"  "U2OS.MYC.2.7.9"
[5] "U2OS.OBX.2.7.9"  "U2OS.EV.18.6.9"  "U2O2.PIM.18.6.9" "U2OS.WDR.18.6.9"
[9] "U2OS.MYC.18.6.9" "U2OS.OBX.18.6.9" "X1.U2OS...OBX"   "X2.U2OS...MYC"
[13] "X3.U2OS...WDR82" "X4.U2OS...PIM"   "X5.U2OS...EV"    "exp1.U2OS.EV"
[17] "exp1.U2OS.MYC"   "EXP1.U20S..PIM1" "EXP1.U2OS.WDR82" "EXP1.U20S.OBX"
[21] "EXP2.U2OS.EV"    "EXP2.U2OS.MYC"   "EXP2.U2OS.PIM1"  "EXP2.U2OS.WDR82"
[25] "EXP2.U2OS.OBX"

As you could see, part of the row names have the same partial name. For example every row with partial name MYC I want to change the whole rowname into "MYC". Overall the row names contain 5 factors: MYC, EV, PIM, WDR and OBX.

解决方案

As @teucer points out, you can't have duplicate row names. Instead, you create a new column in your data frame and use a simple regular expression to extract your factors. For example,

## Your row names
x = c("U2OS.EV.2.7.9", "U2OS.PIM.2.7.9", "U2OS.WDR.2.7.9", "U2OS.MYC.2.7.9",
      "U2OS.OBX.2.7.9", "U2OS.EV.18.6.9", "U2O2.PIM.18.6.9","U2OS.WDR.18.6.9",
      "U2OS.MYC.18.6.9","U2OS.OBX.18.6.9", "X1.U2OS...OBX","X2.U2OS...MYC")

test$rnames = gsub(".*(MYC|EV|PIM|WDR|OBX).*", "\\1", x)

这篇关于用子字符串替换数据帧的rownames的文章就介绍到这了，希望我们推荐的答案对大家有所帮助，也希望大家多多支持IT屋！