R：如何显示聚类矩阵热图（类似的颜色模式分组） [英] R: How do I display clustered matrix heatmap (similar color patterns are grouped)

问题描述

我在整个网站和软件包中搜索了很多关于热图的问题，但我仍然有一个问题。


我有集群数据（kmeans / EM / DBscan ..），我想通过对同一个集群进行分组来创建一个热图。我希望类似的颜色模式能够在热图中分组，所以一般来说，它看起来像块对角线。

我尝试按簇号对数据进行排序并显示它，

  k = kmeans（data，3）
d = data.frame（data）
d = data.frame（d，k $ cluster）
d = d [order（d $ k.cluster），] 
 heatmap（as.matrix （d））
  

但它仍然没有排序，看起来像这样的链接：

我可以在R中做这个吗？

我搜索了很多软件包并尝试了很多方法，但我仍然有一个问题。

非常感谢。

解决方案

您可以使用 reshape2 和 ggplot2 如下：



 图书馆（reshape2）
 library（ggplot2）
 
＃创建虚拟数据
 set.seed（123）
 df<  -  data.frame（
a =样品（1：5，1000，repl ace = TRUE），
b = sample（1：5，1000，replace = TRUE），
c = sample（1：5，1000，replace = TRUE）
）
 
＃执行聚类
k < -  kmeans（df，3）
 
＃附加id和集群
 dfc<  -  cbind（df，id = seq（nrow df）），cluster = k $ cluster）
 
＃添加idsort，按集群顺序排列的id号
 dfc $ idsort<  -  dfc $ id [order（dfc $ cluster）] 
 dfc $ idsort<  -  order（dfc $ idsort）
 
＃使用reshape2 :: melt以长格式创建data.frame 
 dfm<  -  melt（dfc，id .vars = c（id，idsort））
 
 ggplot（dfm，aes（x = variable，y = idsort））+ geom_tile（aes（fill = value））
  

I searched a lot of questions about heatmap throughout the site and packages, but I still have a problem.
I have clustered data (kmeans/EM/DBscan..), and I want to create a heatmap by grouping the same cluster. I want the similar color patterns to be grouped in the heatmap, so generally, it looks like a block-diagonal.
I tried to order the data by the cluster number and display it,

k = kmeans(data, 3)
d = data.frame(data)
d = data.frame(d, k$cluster)
d = d[order(d$k.cluster),]
heatmap(as.matrix(d))

but it is still not sorted and looks like this link:
But, I want it to be sorted by its cluster number and looked like this:
Can I do this in R?
I searched lots of packages and tried many ways, but I still have a problem.
Thanks a lot.

解决方案

You can do this using reshape2 and ggplot2 as follows:

library(reshape2)
library(ggplot2)

# Create dummy data
set.seed(123)
df <- data.frame(
        a = sample(1:5, 1000, replace=TRUE),
        b = sample(1:5, 1000, replace=TRUE),
        c = sample(1:5, 1000, replace=TRUE)
)

# Perform clustering
k <- kmeans(df, 3)

# Append id and cluster
dfc <- cbind(df, id=seq(nrow(df)), cluster=k$cluster)

# Add idsort, the id number ordered by cluster 
dfc$idsort <- dfc$id[order(dfc$cluster)]
dfc$idsort <- order(dfc$idsort)

# use reshape2::melt to create data.frame in long format
dfm <- melt(dfc, id.vars=c("id", "idsort"))

ggplot(dfm, aes(x=variable, y=idsort)) + geom_tile(aes(fill=value))

这篇关于R：如何显示聚类矩阵热图（类似的颜色模式分组）的文章就介绍到这了，希望我们推荐的答案对大家有所帮助，也希望大家多多支持IT屋！