ggplot / mapping美国县 - R中可视化形状的问题 [英] ggplot/mapping US counties — problems with visualization shapes in R
问题描述
$ b $ pre $
obesity_map = data.frame（state，county，obesity_rate）
code> 我试图通过显示美国各县的各种肥胖率来显示地图上的这一点：
us.state.map< - map_data（'state'）
head（us.state.map）
状态< - 级别（as.factor（us.state.map $ region））
df< - data.frame（region = states，value = runif（length（states），min = 0，max = 100），stringsAsFactors = FALSE）
map.data< - merge（us.state.map，df，by ='region'，all = T）
map.data< - map.data [order（map.data $ order）]]
head（map.data）
map.county< - map_data（'county'）
county肥胖< - data.frame（region = obesity_map $ state，subregion = obesity_map $ county，value = obesity_map $ obesity_rate）
map.county< - 合并（county.obesity，map.county，all = TRUE ）
ggplot（map.county，aes（x = long，y = lat，group = group，fill = as.factor（valu e））+ geom_polygon（color =white，size = 0.1）
看起来像这样的图像：
正如你所看到的，美国被分成奇怪的形状，颜色在渐变中不是一种一致的颜色，你不能从中获得太多。但我真正想要的是类似于下面的内容，但每个县都填写了：
我很新，所以我会很感激所有的帮助！
编辑：
这里是dput的输出：
dput（obesity_map）
X = 1：3141，FIPS = c（1L，3L，5L，7L，9L，11L，
13L，15L，17L，19L，21L，23L，25L，27L，29L，31L，33L，35L， 37L，
39L，41L，43L，45L，47L，49L，51L，53L，55L，57L，59L，61L，63L，
65L，67L，69L，71L，73L，75L，77L， 79L，81L，83L，85L，87L，89L，
91L，93L，95L，97L，99L，101L，103L，105L，107L，109L，111L，$ b $ 113L，115L，117L，119L， 121L，123L，125L，127L，129L，131L，133L，
13L，16L，20L，50L，60L，68L，70L，90L，100L，110L，122L，130L，
150L， 170L，180L，185L，188L，201L，220L，232L，240L，261L，
270L，280L，282L，290L，1L，3L， 5L，7L，9L，11L，12L，13L，15L，
17L，19L，21L，23L，25L，27L，1L，3L，5L，7L，9L，11L，13L，15L， 17L，19L，21L，23L，25L，27L，29L，31L，33L，35L，37L，39L，41L，
这是一个数量巨大的数字，每一个美国县，所以我缩短了结果，并放入了第一对夫妇。
基本上，数据框看起来像这样：
print（head（obesity_map））
FIPS state_names county_names obesity
1 1 1 Alabama Autauga 24.5
2 2 3阿拉巴马州Baldwin 23.6
3 3 5阿拉巴马州巴伯尔25.6
4 4 7阿拉巴马州比布0.0
5 5 9阿拉巴马州Blount 24.2
6 6 11阿拉巴马州布洛克0.0
我也尝试过使用ggcounty来遵循示例，但我一直收到错误。我不完全确定我做错了什么：
library（ggcounty）
＃打破
obesity_map $ obese< - cut（obesity_map $ obesity，
breaks = c（0,5,10,15,20,25,30），
labels = c（1 ，2，3，4，
5，6），
include.lowest = TRUE）
＃ map（lower 48）
us< - ggcounty.us（）
＃用我们的底图开始绘图
gg< - us $ g
＃为我们的人口添加一个新的geom（choropleth）
gg< - gg + geom_map（data = obesity_map，map = us $ map，
aes（map_id = FIPS，fill = obesity_map $肥胖），
color =white，size = 0.125）
但我总是结束错误：参数必须强制为非负整数
任何想法？再次感谢你的帮助！我非常感激。
解决方案也许有点迟到的另一个答案，但仍然值得我分享。
数据的读取和预处理与jlhoward的答案类似，但有一些不同：
library（tmap ）＃用于绘制
的库（readxl）＃用于阅读Excel
库（maptools）＃用于unionSpatialPolygons
＃下载数据
download.file（http： //www.ers.usda.gov/datafiles/Food_Environment_Atlas/Data_Access_and_Documentation_Downloads/Current_Version/DataDownload.xls，destfile =DataDownload.xls，mode =wb）
df< - read_excel（DataDownload。
$ b＃下载形状（略少于其他脚本中的细节）
f < - tempfile（）
download.file（xls，sheet =HEALTH http://www2.census.gov/geo/tiger/GENZ2010/gz_2010_us_050_00_20m.zip，destfile = f）
unzip（f，exdir =。）
US < - read_shape（ gz_2010_us_050_00_20m.shp）
＃lea （％FI（02，15，和72））
US < - US [！（US $ STATE％in％c（02，15，72 ）），]
＃将数据附加到形状
US $ FIPS < - paste0（US $ STATE，US $ COUNTY）
US < - append_data（US，df ，key.shp =FIPS，key.data =FIPS）
当正确的数据被附加到形状对象，可以用一行代码绘制一个choropleth：
qtm（US，fill =PCT_OBESE_ADULTS10 ）
＃使用状态多边形创建形状对象
US_states< - unionSpatialPolygons（US，IDs = US $ STATE）
tm_shape（US，projection =+ init = epsg：2163）+
tm_polygons（PCT_OBESE_ADULTS10 ，border.col =grey30，title =）+
tm_sha pe（US_states）+
tm_borders（lwd = 2，col =black，alpha = .5）+
tm_layout（title =2010年各县成人肥胖症百分比，
title .position = c（center，top），
legend.text.size = 1）
So I have a data frame in R called obesity_map which basically gives me the state, county, and obesity rate per county. It looks more or less like this:
obesity_map = data.frame(state, county, obesity_rate)
I'm trying to visualize this on the map by showing various obesity rates per county throughout the US with this:
us.state.map <- map_data('state')
head(us.state.map)
states <- levels(as.factor(us.state.map$region))
df <- data.frame(region = states, value = runif(length(states), min=0, max=100),stringsAsFactors = FALSE)
map.data <- merge(us.state.map, df, by='region', all=T)
map.data <- map.data[order(map.data$order),]
head(map.data)
map.county <- map_data('county')
county.obesity <- data.frame(region = obesity_map$state, subregion = obesity_map$county, value = obesity_map$obesity_rate)
map.county <- merge(county.obesity, map.county, all=TRUE)
ggplot(map.county, aes(x = long, y = lat, group=group, fill=as.factor(value))) + geom_polygon(colour = "white", size = 0.1)
And it basically creates an image that looks like this:
As you can see, the US is divided into strange shapes, the colors aren't one consistent color in varying gradients, and you can't make much from it. But what I really want is something like this below but with each county filled in:
I'm fairly new to this so I'd appreciate any and all help!
Edit:
Here's the output of the dput:
dput(obesity_map)
structure(list(X = 1:3141, FIPS = c(1L, 3L, 5L, 7L, 9L, 11L,
13L, 15L, 17L, 19L, 21L, 23L, 25L, 27L, 29L, 31L, 33L, 35L, 37L,
39L, 41L, 43L, 45L, 47L, 49L, 51L, 53L, 55L, 57L, 59L, 61L, 63L,
65L, 67L, 69L, 71L, 73L, 75L, 77L, 79L, 81L, 83L, 85L, 87L, 89L,
91L, 93L, 95L, 97L, 99L, 101L, 103L, 105L, 107L, 109L, 111L,
113L, 115L, 117L, 119L, 121L, 123L, 125L, 127L, 129L, 131L, 133L,
13L, 16L, 20L, 50L, 60L, 68L, 70L, 90L, 100L, 110L, 122L, 130L,
150L, 164L, 170L, 180L, 185L, 188L, 201L, 220L, 232L, 240L, 261L,
270L, 280L, 282L, 290L, 1L, 3L, 5L, 7L, 9L, 11L, 12L, 13L, 15L,
17L, 19L, 21L, 23L, 25L, 27L, 1L, 3L, 5L, 7L, 9L, 11L, 13L, 15L,
17L, 19L, 21L, 23L, 25L, 27L, 29L, 31L, 33L, 35L, 37L, 39L, 41L,
It's a huge amount of numbers because it's for every US county so I abbreviated the results and put in the first couple lines.
Basically, the data frame looks like this though:
print(head(obesity_map))
X FIPS state_names county_names obesity
1 1 1 Alabama Autauga 24.5
2 2 3 Alabama Baldwin 23.6
3 3 5 Alabama Barbour 25.6
4 4 7 Alabama Bibb 0.0
5 5 9 Alabama Blount 24.2
6 6 11 Alabama Bullock 0.0
I also tried using ggcounty by following the example put up but I keep getting an error. I'm not entirely sure what I've done wrong:
library(ggcounty)
# breaks
obesity_map$obese <- cut(obesity_map$obesity,
breaks=c(0, 5, 10, 15, 20, 25, 30),
labels=c("1", "2", "3", "4",
"5", "6"),
include.lowest=TRUE)
# get the US counties map (lower 48)
us <- ggcounty.us()
# start the plot with our base map
gg <- us$g
# add a new geom with our population (choropleth)
gg <- gg + geom_map(data=obesity_map, map=us$map,
aes(map_id=FIPS, fill=obesity_map$obese),
color="white", size=0.125)
But I always end up getting an error saying: "Error: Argument must be coercible to non-negative integer"
Any idea? Thanks again for all your help! I appreciate it so much.
解决方案 Maybe a little late for another answer, but still worthwhile to share I think.
The reading and preprocessing of the data is similar to jlhoward's answer, with some differences:
library(tmap) # package for plotting
library(readxl) # for reading Excel
library(maptools) # for unionSpatialPolygons
# download data
download.file("http://www.ers.usda.gov/datafiles/Food_Environment_Atlas/Data_Access_and_Documentation_Downloads/Current_Version/DataDownload.xls", destfile = "DataDownload.xls", mode="wb")
df <- read_excel("DataDownload.xls", sheet = "HEALTH")
# download shape (a little less detail than in the other scripts)
f <- tempfile()
download.file("http://www2.census.gov/geo/tiger/GENZ2010/gz_2010_us_050_00_20m.zip", destfile = f)
unzip(f, exdir = ".")
US <- read_shape("gz_2010_us_050_00_20m.shp")
# leave out AK, HI, and PR (state FIPS: 02, 15, and 72)
US <- US[!(US$STATE %in% c("02","15","72")),]
# append data to shape
US$FIPS <- paste0(US$STATE, US$COUNTY)
US <- append_data(US, df, key.shp = "FIPS", key.data = "FIPS")
When the correct data is attached to the shape object, a choropleth can be drawn with one line of code:
qtm(US, fill = "PCT_OBESE_ADULTS10")
This could be enhanced by adding state borders, a better projection, and a title:
# create shape object with state polygons
US_states <- unionSpatialPolygons(US, IDs=US$STATE)
tm_shape(US, projection="+init=epsg:2163") +
tm_polygons("PCT_OBESE_ADULTS10", border.col = "grey30", title="") +
tm_shape(US_states) +
tm_borders(lwd=2, col = "black", alpha = .5) +
tm_layout(title="2010 Adult Obesity by County, percent",
title.position = c("center", "top"),
legend.text.size=1)
这篇关于ggplot / mapping美国县 - R中可视化形状的问题的文章就介绍到这了，希望我们推荐的答案对大家有所帮助，也希望大家多多支持IT屋！
