在r中有重叠圆（填充和大小）的行列热图图 [英] row column heatmap plot with overlayed circle (fill and size) in r

问题描述

这是我正在开发的图表：

我有行和列坐标变量，还有三个quatitative变量（rectheat =填充矩形热图，circlesize =圆圈大小， circlefill =填充颜色热图）。 NA应该由不同的颜色代表（例如灰色）。

以下是数据：

  set.seed（1234） 
 rectheat = sample（c（rnorm（10,5,1），NA，NA），7 * 14，replace = T）
 
 dataf<  -  data.frame（rowv = rep（1：7,14），columnv = rep（1:14，each = 7），
 rectheat，circlesize = rectheat * 1.5，
 circlefill = rectheat * 10）
 dataf 
  

以下是我工作的代码：

<$ （colorf，aes（y = factor（rowv），x = factor（columnv）））
geom_rect（aes（color = rectheat））+
geom_point（aes（color = circlefill，size = circlesize））+ theme_bw（）

我不确定geom_rect是否合适，其他部分是否正常，因为除错误外我无法获得任何结果。

解决方案

这里最好使用 geom_tile （heatmap）。

  require（ggplot2）
 ggplot（dataf，aes（y = factor（rowv），
x = factor （columnv）））+ ## global aes 
 geom_tile（aes（fill = rectheat））+ ##得到rect填充的
 geom_point（aes（color = circlefill，
 size = circlesize ））+ ## geom_point for circle illusion 
 scale_color_gradient（low =yellow，
 high =red）+ ##相应aes的颜色
 scale_size（range = c（1 ，20））+ ##来调整圆圈的大小
 theme_bw（）
  

< img src =https://i.stack.imgur.com/Bw2du.pngalt =在这里输入图片描述>

Here is a graph I am trying to develop:

I have row and column coordinate variables, also three quatitative variables (rectheat = to fill the rectangle heatmap,circlesize = size of circles, circlefill = fill color heatmap). NA should be missing represented by a different color (for example gray color).

The following is data:

set.seed (1234)
rectheat = sample(c(rnorm (10, 5,1), NA, NA), 7*14, replace = T)

dataf <- data.frame (rowv = rep (1:7, 14), columnv = rep(1:14, each = 7),
          rectheat, circlesize = rectheat*1.5,
          circlefill =  rectheat*10 )
dataf

Here is code that I worked on:

require(ggplot2)
ggplot(dataf, aes(y = factor(rowv),x = factor(columnv))) +
      geom_rect(aes(colour = rectheat)) +
     geom_point(aes(colour = circlefill, size =circlesize))  + theme_bw()

I am not sure if geom_rect is appropriate and other part is fine as I could not get any results except errors.

解决方案

Here it is better to use geom_tile (heatmap).

require(ggplot2)
  ggplot(dataf, aes(y = factor(rowv),
             x = factor(columnv))) +        ## global aes
  geom_tile(aes(fill = rectheat)) +         ## to get the rect filled
  geom_point(aes(colour = circlefill, 
                   size =circlesize))  +    ## geom_point for circle illusion
  scale_color_gradient(low = "yellow",  
                       high = "red")+       ## color of the corresponding aes
  scale_size(range = c(1, 20))+             ## to tune the size of circles
  theme_bw()

这篇关于在r中有重叠圆（填充和大小）的行列热图图的文章就介绍到这了，希望我们推荐的答案对大家有所帮助，也希望大家多多支持IT屋！