R热图ggplot2作为数据文件订购 [英] R heatmap ggplot2 ordered as data file

问题描述

我正在制作这张热图

如何使用ggplot2生成热图？

该文章中的代码正常工作

  library（reshape2）
 library（ggplot2）
 library（scales）
 library（plyr）
 data < read.csv（fruits.txt，head = TRUE，sep =，）
 data.m = melt（data）
 data.m < -  ddply（data.m，。（变量），变换，rescale = rescale（值））
 data.m < -  ddply（data.m，。（variable），transform，rescale = rescale（value））
p < -  ggplot （data.m，aes（variable，people））+ geom_tile（aes（fill = rescale），
 color =white）
p + scale_fill_gradient（low =white，high =steelblue ）
  

我使用的数据文件是

  people，1,2,3 
 Ej1,1,0,0 
 Ej2,0,0,1 
 Ej3,0， 0,1 
 Ej4,1,1,0 
  

但是我需要显示这些行（从Ej1到Ej4开始），它们以相反的顺序生成它们，我无法找到如何显示它们，因为它们在数据文件中。

解决方案

$ b

尝试使用：

< pre $ data $ people< - factor（data $ people，levels = rev（data $ people））


就在调用 melt（...）之前：

<$ （数据$ people，levels = rev（data $ people））
data.m = melt（data）
data.m < - ddply（data.m，。（variable），transform，rescale = rescale（value））
p <-ggplot（data.m，aes（variable，people））+ geom_tile（aes（fill =重新定标），
color =white）
p + scale_fill_gradient（low =white，high =steelblue）

data $ people 是一个因子， ggplot 按字母顺序从底部到顶部增加。上面的变化反转了因素水平的顺序。

I'm producing this heatmap

How to produce a heatmap with ggplot2?

The code in that post works fine

library(reshape2)
 library(ggplot2)
 library(scales)
library(plyr)
data <- read.csv("fruits.txt", head=TRUE, sep=",")
 data.m = melt(data)
 data.m <- ddply(data.m, .(variable), transform, rescale = rescale(value))
  data.m <- ddply(data.m, .(variable), transform, rescale = rescale(value))
 p <- ggplot(data.m, aes(variable, people)) + geom_tile(aes(fill = rescale), 
                                                   colour =   "white") 
 p + scale_fill_gradient(low = "white", high = "steelblue")

The data file I'm using is this

people,1,2,3
Ej1,1,0,0
Ej2,0,0,1
Ej3,0,0,1
Ej4,1,1,0

But I need to show the rows as they are (starting from Ej1 to Ej4) and it produces them in reverse order, I can't find out how to show them as they are in the data file.

解决方案

Like this?

Try using:

data$people <- factor(data$people,levels=rev(data$people))

just before the call to melt(...):

data$people <- factor(data$people,levels=rev(data$people))
data.m = melt(data)
data.m <- ddply(data.m, .(variable), transform, rescale = rescale(value))
p <- ggplot(data.m, aes(variable, people)) + geom_tile(aes(fill = rescale), 
                                                       colour =   "white") 
p + scale_fill_gradient(low = "white", high = "steelblue")

data$people is a factor and ggplot will order the factor levels alphabetically "increasing" from bottom to top. The change above reverses the order of the factor levels.

这篇关于R热图ggplot2作为数据文件订购的文章就介绍到这了，希望我们推荐的答案对大家有所帮助，也希望大家多多支持IT屋！