ggplot2带有颜色范围值的热图 [英] ggplot2 heatmap with colors for ranged values

问题描述

我想在ggplot2中制作一个热图。我的玩具数据和代码是：

  set.seed（12345）
 dat < -  
 data 
，Col = rep（x = LETTERS [1:10]，each = 5）
 Row = rep（x = LETTERS [1：5]，times = 10） ，Y = rnorm（n = 50，mean = 0，sd = 1）
）
 library（ggplot2）
p < -  ggplot（data = dat，aes（x = Row，y ）= 
 geom_tile（aes（fill = Y），color =white）+ 
 scale_fill_gradient（low =white，high =steelblue）
p 
  

我想要这样的范围值的颜色方案：

  -3 <= Y < -2 --->深蓝色
 -2 <= Y < -1 --->蓝色
 -1 <= Y < 0 --->淡蓝色
 0 <= Y < 1 --->浅绿色
 1 <= Y < 2 --->绿色
 2 <= Y <= 3 --->深绿色
  

任何帮助将不胜感激。谢谢

解决方案

你有几种选择，但这里有一个作为起点。
$ b

首先，使用 cut 从 Y 中创建一个适当范围的因子：
$ b $ pre $ dat $ Y1 < - cut（dat $ Y，breaks = c（-Inf，-3：3，Inf） ，right = FALSE）然后使用 RColorBrewer 中的调色板进行绘图： >

  ggplot（data = dat，aes（x = Row，y = Col））+ 
 geom_tile（aes（fill = Y1），color =white）+ 
 scale_fill_brewer（palette =PRGn）
  

这种配色方案在低端，它的颜色比蓝色更紫，但它是我在啤酒调色板中找到的最接近的。

如果你想建立你自己的，你可以简单地使用 scale_fill_manual 并指定y我们期望的值参数的颜色向量。

I want to make a heatmap in ggplot2. My toy data and code is:

set.seed(12345)
dat <- 
  data.frame(
      Row = rep(x = LETTERS[1:5], times = 10)
    , Col = rep(x = LETTERS[1:10], each = 5)
    , Y = rnorm(n = 50, mean = 0, sd = 1)
    )
library(ggplot2)
p <- ggplot(data =  dat, aes(x = Row, y = Col)) + 
      geom_tile(aes(fill = Y), colour = "white") +
      scale_fill_gradient(low = "white", high = "steelblue")
p

I want to have color scheme for ranged values like this:

-3 <= Y < -2  ---> Dark Blue
-2 <= Y < -1  ---> Blue
-1 <= Y <  0  ---> Light Blue
 0 <= Y <  1  ---> Light Green
 1 <= Y <  2  ---> Green
 2 <= Y <= 3  ---> Dark Green

Any help will be highly appreciated. Thanks

解决方案

You have several options for something like this, but here is one as a starting point.

First, use cut to create a factor from Y with the appropriate ranges:

dat$Y1 <- cut(dat$Y,breaks = c(-Inf,-3:3,Inf),right = FALSE)

Then plot using a palette from RColorBrewer:

ggplot(data =  dat, aes(x = Row, y = Col)) + 
      geom_tile(aes(fill = Y1), colour = "white") +
      scale_fill_brewer(palette = "PRGn")

This color scheme is more purple than blue on the low end, but it's the closest I could find among the brewer palette's.

If you wanted to build your own, you could simply use scale_fill_manual and specify your desired vector of colors for the values argument.

这篇关于ggplot2带有颜色范围值的热图的文章就介绍到这了，希望我们推荐的答案对大家有所帮助，也希望大家多多支持IT屋！