如何使用ggplot2制作3个离散值的热图？ [英] How to make a heatmap of 3 discrete values using ggplot2?

问题描述

我对aes参数有问题;不知道它试图告诉我要修复的是什么。

我的数据框如下所示：

 > qualityScores 
 
 Test1 Test2 Test3 Test4 Test5 
 Sample1 1 2 2 3 1 
 Sample2 1 2 2 3 2 
 Sample3 1 2 1 1 3 
 Sample4 1 1 3 1 1 
样本5 1 3 1 1 2 
  

其中1代表PASS，2对于WARN和3对于FAIL。

以下是我的数据的 dput ：

1

 结构（列表（Test1 = c（1L，1L，1L，1L，1L），Test2 = c（2L，2L，
 2L，测试3 = c（2L，2L，1L，3L，1L），测试4 = c（3L，3L，
 1L，1L，1L），测试5 = c（1L，2L，3L，1L ，2L）），.Names = c（Test1，
Test2，Test3，Test4，Test5），class =data.frame，row.names = c（ Sample1，
Sample2，Sample3，Sample4，Sample5））
  

我试图制作一个热图，其中1代表gree，2代表黄色，3代表使用ggplots2代表红色。

这是我的代码：

  samples <-rownames（qualityScores）
 tests < -  colnames（qualityScore）
 testScores<  -  unlist（品质分数）
 
颜色<  -  colorRampPalette（c（红色，黄色，绿色））（n = 3）
 
 ggplot（qualityScores，aes x = tests，y = samples，fill = testScores））+ geom_tile（）+ scale_fill_gradient2（low = colors [1]，mid = colors [2]，high = colors [3]）
 
  
 >错误：美学必须是长度为1或与dataProblems相同的长度：colnames（SeqRunQualitySumNumeric）
  
我在哪里出错了？
 
 
 
谢谢。
解决方案
如果您将数据从宽转换为长格式，这将更容易。有很多方法可以做到，但在这里我使用了 reshape2  
  library （reshape2）;库（ggplot2）
 
颜色< -c（green，yellow，red）
 
 ggplot（cbind（sample = rownames（qualityScores） ，qualityScores）），
 aes（x = variable，y = sample，fill = factor（value）））+ 
 geom_tile（）+ 
 scale_fill_manual（values = colors）
  
  
 
I have a problem with the aes parameters; not sure what it's trying to tell me to fix.

My data frame is like so:
> qualityScores

          Test1  Test2  Test3  Test4 Test5
Sample1      1     2      2      3     1
Sample2      1     2      2      3     2
Sample3      1     2      1      1     3
Sample4      1     1      3      1     1
Sample5      1     3      1      1     2
Where 1 stands for PASS, 2 for WARN, and 3 for FAIL.

Here's the dput of my data:
structure(list(Test1 = c(1L, 1L, 1L, 1L, 1L), Test2 = c(2L, 2L, 
2L, 1L, 3L), Test3 = c(2L, 2L, 1L, 3L, 1L), Test4 = c(3L, 3L, 
1L, 1L, 1L), Test5 = c(1L, 2L, 3L, 1L, 2L)), .Names = c("Test1", 
"Test2", "Test3", "Test4", "Test5"), class = "data.frame", row.names = c("Sample1", 
"Sample2", "Sample3", "Sample4", "Sample5"))
I am trying to make a heatmap where 1 will be represented by gree, 2 by yellow, and 3 by red, using ggplots2.

This is my code:
samples <- rownames(qualityScores)
tests <- colnames(qualityScore)
testScores <- unlist(qualityScores) 

colors <- colorRampPalette(c("red", "yellow", "green"))(n=3)

ggplot(qualityScores, aes(x = tests, y = samples, fill = testScores) ) + geom_tile() + scale_fill_gradient2(low = colors[1], mid = colors[2], high = colors[3])
And I get this error message:
Error: Aesthetics must either be length one, or the same length as the dataProblems:colnames(SeqRunQualitySumNumeric)
Where am I going wrong?

Thank you.
解决方案
This will be much easier if your reshape your data from wide to long format. There are many ways to do that but here I used reshape2
library(reshape2); library(ggplot2)

colors <- c("green", "yellow", "red")

ggplot(melt(cbind(sample=rownames(qualityScores), qualityScores)), 
    aes(x = variable, y = sample, fill = factor(value))) + 
    geom_tile() + 
    scale_fill_manual(values=colors)


                        
这篇关于如何使用ggplot2制作3个离散值的热图？的文章就介绍到这了，希望我们推荐的答案对大家有所帮助，也希望大家多多支持IT屋！