使用mayavi绘制从文件中读取的三维数据 [英] Plotting a 3d data read from a file using mayavi

问题描述

我有一个数据文件，格式如下：

  xyzf（x）f（y）f（z）
  

我想用mayavi的contour3d绘制它：

  def fill_array（output_array，source_array，nx，ny，nz，position）：
代表范围内的i（nx）：
代表范围内的j（ny ）：
 for k in range（nz）：
 output_array [i] [j] [k] = source_array [i] [j] [k] [position] 
 
 nx = 8 
 ny = 8 
 nz = 8 
 
 ndim = 6 
 
x = np.zeros（（nx，ny，nz））$ bx by = np.zeros（（nx，ny，nz））
z = np.zeros（（nx，ny，nz））
 fx = np.zeros（（nx，ny，nz） ）
 fy = np.zeros（（nx，ny，nz））
 fz = np.zeros（（nx，ny，nz））
 
 data_file = np.loadtxt （'datafile'）
f = np.reshape（data_file，（nx，ny，nz，ndim））
 fill_array（x，f，nx，ny，nz，0））
 fill_array （y，f，nx，ny，nz，1）
 fill_array（z，f，nx，ny，nz，2）
 fill_array（fx，f，nx，ny，nz，3）$ $ b $ fill_array（fy，f，nx，ny，nz，5）
 
 f2 = f x ** 2 + fy ** 2 + fz ** 2 
 plot_data = mlab.contour3d（f2）
 mlab.colorbar（plot_data，title ='f2'，orientation ='vertical'）
 mlab.savefig（'f.png'，放大倍数= 5）
  

数据按照（x，y，z）网格数据的顺序排列。但是，如果文件不是按顺序编写的，它会创建与有序数据不匹配的情节（我知道这是正确的）。可能是什么原因/解决方案？

当然，我只想安排x，y，z，然后将函数值f（x），f（y）， f（z）到它的右边位置（x，y，z）。

解决方案

b在阅读文件后添加了以下内容（其余代码保持不变）：

  data_file = np.loadtxt（'datafile' ，'''，浮点），（'''，浮点），（''''，浮点），（'''浮点） fz'，float）]）
 data_file = np.sort（data_file，order = ['z'，'y']）
f = np.array（data_file）.reshape（nx，ny，nz ）
  

I have a data file in the following format:

x y z f(x) f(y) f(z)

I want to plot it using contour3d of mayavi:

def fill_array(output_array,source_array,nx,ny,nz,position):
    for i in range(nx):
        for j in range(ny):
            for k in range(nz):
                output_array[i][j][k] = source_array[i][j][k][position]

nx = 8
ny = 8
nz = 8

ndim = 6

x = np.zeros((nx,ny,nz))
y = np.zeros((nx,ny,nz))
z = np.zeros((nx,ny,nz))
fx = np.zeros((nx,ny,nz))
fy = np.zeros((nx,ny,nz))
fz = np.zeros((nx,ny,nz))

data_file = np.loadtxt('datafile')
f = np.reshape(data_file, (nx,ny,nz,ndim))
fill_array(x,f,nx,ny,nz,0))
fill_array(y,f,nx,ny,nz,1)
fill_array(z,f,nx,ny,nz,2)
fill_array(fx,f,nx,ny,nz,3)
fill_array(fy,f,nx,ny,nz,4)
fill_array(fz,f,nx,ny,nz,5)

f2 = fx**2 + fy**2 + fz**2
plot_data = mlab.contour3d(f2)
mlab.colorbar(plot_data,title='f2',orientation='vertical')
mlab.savefig('f.png',magnification=5)

This was working fine when data is arranged in a order (x,y,z) grid data. But with file written not in order it is creates plot which doesn't match the one with ordered data (which I know is correct). What could be the reason/solution ?

Of course I only want to arrange x,y,z and then associate functional value f(x),f(y),f(z) to its right position (x,y,z).

解决方案

It worked.
I added the following just after reading the file (rest code remaining same):

data_file = np.loadtxt('datafile', 
dtype=[('x',float),('y',float),('z',float),('fx',float),('fy',float),('fz',float)])
data_file = np.sort(data_file,order=['z','y'])
f = np.array(data_file).reshape(nx,ny,nz)

这篇关于使用mayavi绘制从文件中读取的三维数据的文章就介绍到这了，希望我们推荐的答案对大家有所帮助，也希望大家多多支持IT屋！