改变树状图的叶子
我想修改根据hclust对象的图生成的树状图中的叶子属性.最低限度，我想更改颜色，但是您能提供的任何帮助将不胜感激. 我确实尝试过搜索答案，但是我看到的每个解决方案似乎都比我想像的要难得多. 解决方案 前一段时间，Joris Meys很好地向我提供了此代码片段，该代码片段可改变叶子的颜色.对其进行修改以反映您的属性. clusDendro
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在python中手动绘制树状图
我已经实现了一种算法来解决图形中的聚类问题.我使用python库"python-graph"来表示图.现在，在计算的每个步骤(算法是迭代的)中，我都必须绘制部分树状图.实际上，从原始图形开始计算聚类的意义上说，该算法是分裂性的.现在，我不知道该用什么来绘制树状图(有人建议使用PIL，但我正在寻找简单的方法，而且我不知道如何使用PIL)...用它做图吗? 注意:我读了其他问题，但是所有内容似乎
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将hcluster生成的ndarray转换为Newick字符串以与ete2包一起使用
我有一个通过运行创建的向量列表: import hcluster import numpy as np from ete2 import Tree vecs = [np.array(i) for i in document_list] 其中document_list是我正在分析的Web文档的集合.然后，我执行分层聚类: Z = hcluster.linkage(vecs, me
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如何使用Python中的以下代码示例创建放射状群集?
我发现了一些有关如何创建这些精确层次结构的示例(至少我相信它们是这样)，如下所示: [EDIT]以下是 Paul 的代码的简化版本，现在它应该可以更容易地帮助人们获得变成放射状的星团，而不是当前的星团形状 import scipy import pylab import scipy.cluster.hierarchy as sch def fix_verts(ax, orient=1): f
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距离矩阵的树状图或其他图
我要比较三个矩阵.每个都是5x6.我最初想使用分层聚类对矩阵进行聚类，以便在相似度阈值给定的情况下，将最相似的矩阵进行分组. 我在python中找不到任何这样的函数，所以我手动实现了距离测量，我现在正在尝试生成树状图.这是我的代码，这是错误的.我想要生成一张图(如果可能，则为树状图)，该图显示了最相似的矩阵簇.矩阵0、1、2、0和2是相同的，应首先聚在一起，而1则不同. 距离矩阵如下:
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如何在scipy/matplotlib中绘制和注释分层聚类树状图
我正在使用scipy中的dendrogram来绘制使用matplotlib的层次聚类，如下所示: mat = array([[1, 0.5, 0.9], [0.5, 1, -0.5], [0.9, -0.5, 1]]) plt.subplot(1,2,1) plt.title("mat") dist_mat = mat linkage_ma
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在树状图中绘制标签和线条
我想更改树状图中与其标签相对应的线条的颜色.但是，我之前从未见过这样的事情.因此，我至少要更改文本标签的颜色. 解决方案 似乎没有简单的解决方案.树状图的标签只是y轴刻度标签，并且都共享相同的color属性.另一方面，这些线不是成组构造的，因此连接到相邻节点之间的所有线都是一个对象.以下示例说明了所有这些内容: 现在的问题是您对彩色线条的具体目的是什么?主要是，您想对垂直线做什么?
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在树状图中为刻度标签上色以匹配簇的颜色
如何为树状图的标签分别上色，以使其与MATLAB中群集的颜色匹配? 这是使用下面我的答案中的代码生成的示例所需输出(请注意，标签只是50个字符系列'A':'r'): 如果有更简单的方法可以执行此操作，请发布答案，因为我无法通过谷歌搜索找到解决方案.如果不是这样，则后代代码如下. 解决方案 我找不到确切的答案，但是我设法从网上找到的一些想法(显示在评论中)中总结了以下内容.希望这
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解释SciPy的分层聚类树状图的输出? (也许发现了一个错误...)
我试图弄清楚scipy.cluster.hierarchy.dendrogram的输出是如何工作的...我以为我知道它是如何工作的，因此我能够使用输出来重建树状图，但似乎我不再理解它了或该模块的Python 3版本中存在错误. 此答案，我如何获得scipy.cluster.hierarchy 生成的树状图的子树，这意味着dendrogram输出字典给出的dict_keys(['icoord'
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Python中SciPy树状图的自定义群集颜色(link_color_func?)
我想用我以字典形式制作的颜色图(即{leaf: color})为群集着色. 我已尝试遵循“> https ://joernhees.de/blog/2015/08/26/scipy-hierarchical-clustering-and-dendrogram-tutorial/，但是由于某种原因，颜色变得混乱了.默认图看起来不错，我只想为这些颜色分配不同的颜色.我看到有一个link_colo
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如何在R中更改树状图标签
我在R中有一个树状图.它基于使用hclust的层次聚类.我正在为不同颜色的标签着色，但是当我尝试使用dendrogram = dendrogram %>% set("labels", dataframe$column)更改我的数据图的标签(到群集所基于的数据框的行)时，标签被替换，但是位置错误.例如: 我的树状图如下: ___|___ | _|_ | | |
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树状图中的相关标签-MATLAB
我在文件stations.dat中存储了以下数据集: Station A 305.2 321.1 420.9 383.5 311.7 197.1 160.2 113.9 60.5 60.5 64.8 154.3 Station B 281.1 304.0 353.1 231.9 84.6 20.9 11.7 11.9 31.1 75.8 133.0 235.3
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在Java中嵌入树状图
我正在寻找一个能够在Java中绘制 dendrograms 数据的库（不是计算它们，我可以自己做）..你有任何线索？已经尝试通过谷歌搜索它，但没有发现任何不是独立的东西（当我需要在我的程序中嵌入代）时。 谢谢！ / p> 解决方案 查看 JUNG 图库。它不会为您执行实际的集群，但它是一个非常好的库，用于可视化结果。
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用树形图和样本标签绘制热图
使用函数 made4 的 heatmap ，我从示例文件制作了这个热图树形图： data（khan） heatplot（kan $ train [1:30，]，lowcol =“blue”，highcol =“red “） 如何为热图边缘上的样本添加一组标签，如在这个数字？ 这种情况下的标签是与热图第一列和第一列相邻的方格，用于表示每个样品的标签
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如何将data.frame转换为树结构对象，如树形图
我有一个data.frame对象。一个简单的例子： > data.frame（x = c（'A'，'A'，'B'，'B'，'B'），y = c（'Ab'，'Ac'，'Ba'，'Ba' Bd'），z = c（'Abb'，'Acc'，'Bad'，'Bae'，'Bdd'）） xyz 1 A Ab Abb 2 A Ac Acc 3 B Ba 4 B Ba Bae 5 B Bd B
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如何在树形图示例中的边缘上放置标签？
假设树形图像树状图示例（ source ），如何将标签放在边缘？绘制边缘的Javascript代码看起来像下面的行： var link = vis.selectAll（“path.link”） .data（cluster.links（nodes）） .enter（）。append（“path”） .attr（“class”，“link”） .attr （“d”，对角线）;
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d3.js - 如何自动计算径向树形图中的弧长
我正在创建Mike Bostock的分层边缘捆绑图的修改版本： http://mbostock.github.com/d3/talk/20111116/bundle.html 但我想要跨越某些数据组的弧，例如： 我目前只是硬编码弧的长度，但我想动态。我该如何做到这一点？这是我当前的代码： / * MH - 用户定义的变量* / var chartConfig = {
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树/树形图，带有d3中的弯头连接器
我对d3.js（和一般的SVG）很新，我想做一些简单的事情：一个有角度的连接器的树/树形图。 我从这里得到了d3示例： http://mbostock.github.com/d3/ ex / cluster.html ，我想让它更像这样的原型示例： http://mbostock.github.com/protovis/ex/indent.html li> http://mbost
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我如何生产这样的地块？
我遇到了这样一种情节，它对一组给定的时间序列数据执行层次聚类。 我可以在 R 或Javascript中实现，特别是使用 d3.js 。 解决方案 您可以随时手动创建绘图： 与基本图形，你 fig 参数 允许你在另一个图中添加绘图。 ＃示例数据 n k d d [，2] colnames（d）x r
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在树，群集，径向树和径向群集布局之间平滑过渡
对于项目，我需要交互式更改可视化的分层数据布局，而不会对基础数据进行任何更改。能够在它们之间切换的布局应该是树，簇，径向树和径向簇。 我认为这是一个相对容易的任务， D3 。我开始，但我失去了翻译和旋转，数据绑定等类似，所以我要求你的帮助。也许，我可能是在做一些不是D3的精神，这是坏的，因为我寻求一个干净的解决方案。 我把一个 jsfidle ，但它只是一个起点，添加了单选按钮，方便的
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