R 用矩形而不是文本绘制图
我正在使用 snakemake 构建管道，并使用 conda 和 singularity 环境来确保可重复性.我遇到了一个错误，我的绘图上的文本被矩形替换了
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如何从dockerfile构建奇异容器
我想从dockerfile构建奇异容器. 我已经从Docker Hub提取并运行了Docker镜像，具有奇异之处. 奇异性拉docker://ubuntu:latest 我还从奇异配方文件中构建了图像. singularity build cpp.sif singularity_file 但是我想从dockerfile构建奇异映像. 任何人都知道该怎么做.有可能吗?
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从Nipype docker image CommandNotFound构建奇点配方
我有以下奇点容器配方: #！/bin/bash引导程序:泊坞窗来自:nipype/nipype:最新％标签版本v1.0％邮政#安装nanoapt-get更新apt-get install nano#设置Python环境CONDA_ENV =/opt/conda/bin导出PATH = $ CONDA_ENV:$ PATHchmod -R 777 $ CONDA_ENV#激活conda环境康达激活
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awk命令在snakemake --use-singularity中失败
我正在尝试将Snakemake与奇点性结合使用，并且我注意到，使用奇点性时，简单的 awk 命令不再起作用.最后一行中的 $ 1 被bash代替，而不是被 awk 用作第一个字段. 这是一个最小的工作示例( Snakefile ): 奇点:"docker://debian:stretch"统治一切:输入:"test.txt"规则测试:输出:"test.txt"壳:"cat/etc/pass
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bash脚本在打开的奇异容器中执行操作
我在终端的RedHat上使用以下工作流程: 打开一个奇异图片: singularity run /mn/sarpanitu/singularity/test/fenics-and-more.img 导出某些显示在奇点内: export DISPLAY=:0.0 以单数形式导出到 gmsh 的路径: export PATH="$HOME/Downloads/gms
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在Nextflow中执行奇点容器时激活conda环境
我正在使用奇点容器来运行Nextflow工作流管理系统中的命令。我在Singularity内部有一个conda环境，当我将其装入容器时可以激活它 singularity pull shub：// brucemoran / Singularity ：pcgr.centos7 奇异外壳brucemoran-Singularity-pcgr.centos7.img ＃ 源激活p
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在单一容器中将conda环境容器化
我遇到过许多实例，将conda环境容器化以实现长期可重复性确实很有帮助。由于我通常在高性能计算系统中运行，因此出于安全考虑，它们必须是奇异容器。 解决方案 首先，您需要为特定的conda环境获取环境YML。 p> conda激活your_env conda env导出>环境.yml 以下是示例奇点配方（在与环境相同目录中名为“奇点”的文件中.yml'）：
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