使用R绘制坐标系中的节点和边 [英] Plot nodes and edges in a coordinate system using R

问题描述

我在此处实施了FR测试，现在我想通过在R中可视化生成的最小生成树来测试它。顶点和边应该绘制在坐标系中。

另外，我想将颜色设置为每个点（取决于它属于哪个样本），并通过点的大小表示一个可能的第三维。

这是我到目前为止： （b）（b）（b）（b）b

$ b $ library（ggplot2）


节点< - data.frame（cbind A，A，B，B，B），c（1,2,3,8,2,1），c（6,3,1,4， （c（A，A，A），c（A，B，B）， c（1,3,2），c（6,1,5），c（2,8,1），c（3,4,6）））


p< ; - ggplot（）+
geom_point（nodes，aes（x = nodes [，2]，y = nodes [，3]））+
geom_line（edges）

p


解决方案

我也认为 igraph 会是最好的...

 节点<  -  data.frame （a = c（A，A，B，B，B） bd = c（6,3,1,4,5,6））
 #cbind制作了你的节点字符，所以我在这里删除了它
 
 edges<  -  data.frame（a = c（A，A，A），b = c（A，B，B），d = c（1,3,2），
e = c （6,1,5），f = c（2,8,1），g = c（3,4,6））
  

下面是一个使用上述数据的例子，用坐标布局系统 coords <颜色>产生颜色 coloring / code>

  library（igraph）
 
 from<  -  c（rep （edge [，3]，3），rep（边缘[，4]，2），边缘[，5]）
到< ，6]，边缘[，5]，边缘[，6]，边缘[，6]）
髓化<  -  data.frame（from，to）
 actors<  -  data.frame （样本颜色（），7）
尺寸<  - 样本（15,7）
 coords< -cbind（x = runif（7,0,1），y = runif（7,0,1））
 
 
 myg<  -  graph.data。框架（myedges，v （myg）=尺寸（尺寸）
 
绘图（myg，顶点）。 color = V（myg）$ coloring，vertex.size = V（myg）$ sizes，
 layout = coords，edge.color =＃55555533）
  

用于绘制一个spanning也有很多选项，例如



   
 E（myg）$着色<  - ＃55555533
 E（myg，path = d）$ coloring< - red
 V（myg）[d] $着色< - red
 
 plot（myg，vertex.color = V（myg）$ coloring，vertex.size = V（myg）$ sizes 
，edge.width = 3，layout = coords，edge.color = E（myg）$ coloring）
  

带轴：



  plot（myg，vertex.color = V（myg） $ coloring，vertex.size = V（myg）$ sizes 
，edge.width = 3，layout = coords，edge.color = E（myg）$ coloring，axes = TRUE）
  

并使用 rescale = FALSE 来保持原始轴比例

I implemented the FR test here and now I would like to test it by means of visualizing the resulting minimum spanning trees in R. The vertices and edges should be plotted in a coordinate system.

Moreover I want to set the color for every dot (depending on to which sample it belongs) and express a possible third dimension through the size of the dots.

This is what I have got so far:

library(ggplot2)


nodes <- data.frame(cbind(c("A", "A", "A", "B", "B", "B"), c(1,2,3,8,2,1), c(6,3,1,4,5,6)))
edges <- data.frame(cbind(c("A", "A", "A"), c("A", "B", "B"), c(1,3,2), c(6,1,5), c(2,8,1), c(3,4,6)))


p <- ggplot() + 
    geom_point(nodes, aes(x=nodes[,2], y=nodes[,3])) +
    geom_line(edges)

p

解决方案

I also think igraph would be best here...

nodes <- data.frame(a=c("A", "A", "A", "B", "B", "B"), b=c(1,2,3,8,2,1), 
d=c(6,3,1,4,5,6)) 
#cbind made your nodes characters so i have removed it here

edges <- data.frame(a=c("A", "A", "A"), b=c("A", "B", "B"), d=c(1,3,2), 
e=c(6,1,5), f=c(2,8,1), g=c(3,4,6))

Here is an example using your data as above, to produce the colours colouring with the coordinate layout system coords

library(igraph)

from <- c(rep(edges[,3],3),rep(edges[,4],2),edges[,5])
to <- c(edges[,4],edges[,5],edges[,6],edges[,5],edges[,6],edges[,6])
myedges <- data.frame(from,to)
actors <- data.frame(acts=c(1,2,3,4,5,6,8))
colouring <- sample(colours(), 7) 
sizes <- sample(15,7)
coords<-cbind(x=runif(7,0,1),y=runif(7,0,1))


myg <- graph.data.frame(myedges, vertices=actors, directed=FALSE)
V(myg)$colouring <- colouring
V(myg)$sizes <- sizes

plot(myg,vertex.color=V(myg)$colouring,vertex.size=V(myg)$sizes,
layout=coords,edge.color="#55555533")

for plotting a spanning there are also many options, e.g.

d <- c(1,2,3)

E(myg)$colouring <- "#55555533"
E(myg, path=d)$colouring <- "red"
V(myg)[ d ]$colouring <- "red"

plot(myg,vertex.color=V(myg)$colouring,vertex.size=V(myg)$sizes
,edge.width=3,layout=coords,edge.color=E(myg)$colouring )

with axes:

plot(myg,vertex.color=V(myg)$colouring,vertex.size=V(myg)$sizes
,edge.width=3,layout=coords,edge.color=E(myg)$colouring, axes=TRUE )

and use rescale=FALSE to keep original axes scale

这篇关于使用R绘制坐标系中的节点和边的文章就介绍到这了，希望我们推荐的答案对大家有所帮助，也希望大家多多支持IT屋！