如何用FactoMineR创建双标图？ [英] How to create a biplot with FactoMineR?

问题描述

问题很简单。我想双击PCA（mydata）的结果，这是我用FactoMineR做的。因为它似乎只能显示变量或具有内置绘图设备的个人：

  plot.PCA（pca1，喜爱将= IND / VAR）。 
  

我知道用princomp（）的结果很容易做到，但我真的很喜欢FactoMineR处理NA，在许多方面对我来说似乎更容易。

有没有办法？我看到它用 ggplot2 完成，但只有结果princomp（），我不知道如何更改代码，以便它可以与PCA（）一起使用。

我还看到了一个解决方案，用ggplot2分别进行单独和变量绘制（看看下面的），但我该如何结合这些？

也许这个解决方案在第一个链接中有点不明白，但是我真的不明白：/。

我希望我明白了！

>

问候

Lukas

解决方案

您好您可以修改您的第一个链接的代码对于来自 FactoMineR 的PCA对象，如下所示：

  PCbiplot2 < - 函数（res.pca，x =Dim.1，y =Dim.2）{
 if（！require（ggplot2））install.packages（ggplot2）
＃res.pca作为PCA对象
 data<  -  data.frame（obsnames = row.names（res.pca $ ind $ coord），res.pca $ ind $ coord）
 plot<  -  ggpl ot（data，aes_string（x = x，y = y））+ geom_text（alpha = .4，size = 3，aes（label = obsnames））
 plot < -  plot + geom_hline（aes（0） ，size = .2）+ geom_vline（aes（0），size = 0.2）
 datapc<  -  data.frame（varnames = rownames（res.pca $ var $ coord），res.pca $ var $ （数据[，y]） - 最小（数据[，y]）/（最大（datapc [，y]） - 最小（datapc [ （max（data [，x]） -  min（data [，x]）/（max（datapc [，x]） -  min（datapc [，x]）））$ b（b）
 datapc<  -  transform（datapc，
 v1 = .7 * mult *（get（x）），
 v2 = .7 * mult * ）
）
 plot<  -  plot + coord_equal（）+ geom_text（data = datapc，aes（x = v1，y = v2，label = varnames），size = 5，vjust = 1，color =red）
 plot < -  plot + geom_segment（data = datapc，aes（x = 0，y = 0，xend = v1，yend = v2），arrow = arrow cm）），alpha = 0.75，color =red）
 plot 
} 
 
 library（FactoMineR）
 fit2<  -  PCA（USArrests，图= F）
 PCbiplot2（fit2）
  

告诉我它是否有效！

编辑：添加jlhoward建议的库

The Question is easy. I'd like to biplot the results of PCA(mydata), which I did with FactoMineR. As it seems I can only display ether the variables or the individuals with the built in ploting device:

 plot.PCA(pca1, choix="ind/var").

I know it can be easily done with the result of princomp(), but I really like how FactoMineR handles the NA's and it seems easier to me in many ways.

Is there a way? I saw it somehow done with ggplot2 but again only with the result of princomp(), and I have no idea how to change the code so that it works with PCA().

I also saw a solution for doing the individual and variable plot separately with ggplot2 (Look at the bottom), but how do I combine those?

Maybe the solution is somehow in the first link, but then I don't really get it :/.

I hope I made myself clear!

Greetings

Lukas

解决方案

Hi you can adapt the code of your first link for PCA objects from FactoMineR like this :

PCbiplot2 <- function(res.pca, x="Dim.1", y="Dim.2") {
  if(!require(ggplot2)) install.packages("ggplot2")
  # res.pca being a PCA object
  data <- data.frame(obsnames=row.names(res.pca$ind$coord), res.pca$ind$coord)
  plot <- ggplot(data, aes_string(x=x, y=y)) + geom_text(alpha=.4, size=3,     aes(label=obsnames))
  plot <- plot + geom_hline(aes(0), size=.2) + geom_vline(aes(0), size=.2)
  datapc <- data.frame(varnames=rownames(res.pca$var$coord), res.pca$var$coord)
  mult <- min(
    (max(data[,y]) - min(data[,y])/(max(datapc[,y])-min(datapc[,y]))),
    (max(data[,x]) - min(data[,x])/(max(datapc[,x])-min(datapc[,x])))
  )
  datapc <- transform(datapc,
                      v1 = .7 * mult * (get(x)),
                      v2 = .7 * mult * (get(y))
  )
  plot <- plot + coord_equal() + geom_text(data=datapc, aes(x=v1, y=v2,     label=varnames), size = 5, vjust=1, color="red")
  plot <- plot + geom_segment(data=datapc, aes(x=0, y=0, xend=v1, yend=v2),     arrow=arrow(length=unit(0.2,"cm")), alpha=0.75, color="red")
  plot
}

library(FactoMineR)
fit2 <- PCA(USArrests, graph=F)
PCbiplot2(fit2)

Tell me if it works !

Edit : add libraries like jlhoward suggests

这篇关于如何用FactoMineR创建双标图？的文章就介绍到这了，希望我们推荐的答案对大家有所帮助，也希望大家多多支持IT屋！