如何在R中创建一个类似散点图，如箱形图？ [英] How do I create a categorical scatterplot in R like boxplots?

问题描述

有谁知道如何在 R 中创建散点图来创建也可以显示个人数据点/rel =nofollow noreferrer>

我尝试过使用boxplots，但他们没有以我想要的方式显示数据。这些柱形图可以生成的散点图显示数据更好。

任何建议，将不胜感激。

解决方案

正如@smillig所提到的，您可以使用ggplot2来实现这一点。下面的代码重现了你非常好的情节 - 警告它非常棘手。首先加载ggplot2包并生成一些数据：

  library（ggplot2）
 dd = data.frame（values = runif（21），type = c（Control，Treated，Treated + A））
  

下一步更改默认主题：

  theme_set（theme_bw（））
  

现在我们构建该图。

1. 构建一个基础对象 - 没有任何东西被绘制：
   
   <$ p $
   $ g = ggplot（dd，aes（type，values））


添加点：调整默认的抖动并根据类型更改标志符号：



  g = g + geom_jitter（aes （pch = type），position = position_jitter（width = 0.1））
  




2. 盒子：计算盒子的结束位置。在这种情况下，我选择了平均值。如果您不想使用此框，只需省略此步骤。

     g = g + stat_summary （fun.y = function（i）mean（i），
    geom =bar，fill =white，color =black）
      
    
   添加一些错误栏：计算上下限并调整栏宽： 
    
    <$ （i）平均（i）+ qt（0.975，长度（i））* sd（i）/长度（i） i），
    fun.ymin = function（i）mean（i） -  qt（0.975，length（i））* sd（i）/ length（i），
    geom =errorbar，宽度= 0.2）
     




3. 显示图
   
   

     g 
     

1. 在上面的R代码中，我使用 stat_summary 来计算所需的值。您也可以创建单独的数据框架并使用 geom_errorbar 和 geom_bar 。


2. 要使用base R，请查看我对此问题的答案。

Does anyone know how to create a scatterplot in R to create plots like these in PRISM's graphpad:

I tried using boxplots but they don't display the data the way I want it. These column scatterplots that graphpad can generate show the data better for me.

Any suggestions would be appreciated.

解决方案

As @smillig mentioned, you can achieve this using ggplot2. The code below reproduces the plot that you are after pretty well - warning it is quite tricky. First load the ggplot2 package and generate some data:

library(ggplot2)
dd = data.frame(values=runif(21), type = c("Control", "Treated", "Treated + A"))

Next change the default theme:

theme_set(theme_bw())

Now we build the plot.

1. Construct a base object - nothing is plotted:

   g = ggplot(dd, aes(type, values))
   

2. Add on the points: adjust the default jitter and change glyph according to type:

   g = g + geom_jitter(aes(pch=type), position=position_jitter(width=0.1))
   

3. Add on the "box": calculate where the box ends. In this case, I've chosen the average value. If you don't want the box, just omit this step.

   g = g + stat_summary(fun.y = function(i) mean(i), 
           geom="bar", fill="white", colour="black")
   

4. Add on some error bars: calculate the upper/lower bounds and adjust the bar width:

   g  = g + stat_summary(
           fun.ymax=function(i) mean(i) + qt(0.975, length(i))*sd(i)/length(i), 
           fun.ymin=function(i) mean(i) - qt(0.975, length(i)) *sd(i)/length(i),
           geom="errorbar", width=0.2)
   

5. Display the plot

   g
   

1. In my R code above I used stat_summary to calculate the values needed on the fly. You could also create separate data frames and use geom_errorbar and geom_bar.
2. To use base R, have a look at my answer to this question.

这篇关于如何在R中创建一个类似散点图，如箱形图？的文章就介绍到这了，希望我们推荐的答案对大家有所帮助，也希望大家多多支持IT屋！