在本章中，我们将讨论Biopython提供的一些高级序列特征.
核苷酸序列可以是反向补充以获得新的序列.此外，补充序列可以反向补充以获得原始序列. Biopython提供了两种方法来实现这一功能 : 补充和反向补充.这个代码在下面和下面给出;
>>> from Bio.Alphabet import IUPAC
>>> nucleotide = Seq('TCGAAGTCAGTC', IUPAC.ambiguous_dna)
>>> nucleotide.complement()
Seq('AGCTTCAGTCAG', IUPACAmbiguousDNA())
>>>这里，complement()方法允许补充DNA或RNA序列. reverse_complement()方法从左到右补充和反转结果序列.它显示在下面和下面;
>>> nucleotide.reverse_complement()
Seq('GACTGACTTCGA'，IUPACAmbiguousDNA())Biopython使用Bio.Data.IUPACData提供的ambiguous_dna_complement变量来做补充操作.
>>> from Bio.Data import IUPACData
>>> import pprint
>>> pprint.pprint(IUPACData.ambiguous_dna_complement) {
'A': 'T',
'B': 'V',
'C': 'G',
'D': 'H',
'G': 'C',
'H': 'D',
'K': 'M',
'M': 'K',
'N': 'N',
'R': 'Y',
'S': 'S',
'T': 'A',
'V': 'B',
'W': 'W',
'X': 'X',
'Y': 'R'}
>>>基因组DNA碱基组成(GC含量)预计会显着影响基因组功能和物种生态. GC含量是GC核苷酸的数量除以总核苷酸.
要获得GC核苷酸含量，请导入以下模块并执行以下步骤 :
>>> from Bio.SeqUtils import GC
>>> nucleotide = Seq("GACTGACTTCGA",IUPAC.unambiguous_dna)
>>> GC(nucleotide)
50.0转录是将DNA序列转换为RNA序列的过程.实际的生物转录过程是执行反向互补(TCAG→CUGA)以获得mRNA，将DNA视为模板链.然而，在Biopython中的生物信息学中，我们通常直接使用编码链，我们可以通过将字母T更改为U来获得mRNA序列.
以上的简单示例如下跟随 : 去;
>>> from Bio.Seq import Seq
>>> from Bio.Seq import transcribe
>>> from Bio.Alphabet import IUPAC
>>> dna_seq = Seq("ATGCCGATCGTAT",IUPAC.unambiguous_dna) >>> transcribe(dna_seq)
Seq('AUGCCGAUCGUAU', IUPACUnambiguousRNA())
>>>要反转转录，T将更改为U，如下面的代码所示 :
>>> rna_seq = transcribe(dna_seq)
>>> rna_seq.back_transcribe()
Seq('ATGCCGATCGTAT', IUPACUnambiguousDNA())要获得DNA模板链，将反转录的RNA反向补充为给出以下 :
>>> rna_seq.back_transcribe().reverse_complement()
Seq('ATACGATCGGCAT'，IUPACUnambiguousDNA())翻译是将RNA序列翻译成蛋白质序列的过程.考虑如下所示的RNA序列 :
>>> rna_seq = Seq("AUGGCCAUUGUAAU"，IUPAC.unambiguous_rna)
>>> rna_seq
Seq('AUGGCCAUUGUAAUGGGCCGCUGAAAGGGUGCCCGAUAG'，IUPACUnambiguousRNA())现在，将translate()函数应用于上面和下面的代码;
>>> rna_seq.translate()
Seq('MAIV'，IUPACProtein())上述RNA序列很简单.考虑RNA序列，AUGGCCAUUGUAAUGGGCCGCUGAAAGGGUGCCCGA并应用translate() :
>>> rna = Seq('AUGGCCAUUGUAAUGGGCCGCUGAAAGGGUGCCCGA'，IUPAC.unambiguous_rna)
>>> rna.translate()
Seq('MAIVMGR * KGAR'，HasStopCodon(IUPACProtein()，'*'))这里，停止密码子用星号'*'表示.
在translate()方法中可以在第一个终止密码子处停止.要执行此操作，您可以在translate()中指定to_stop = True，如下所示 :
>>> rna.translate(to_stop = True)
Seq('MAIVMGR'，IUPACProtein())这里，终止密码子不包含在结果序列，因为它不包含一个.
NCBI的遗传代码页面提供了Biopython使用的翻译表的完整列表.让我们看一下标准表的示例来可视化代码 :
>>> from Bio.Data import CodonTable >>> table = CodonTable.unambiguous_dna_by_name["Standard"] >>> print(table) Table 1 Standard, SGC0 | T | C | A | G | --+---------+---------+---------+---------+-- T | TTT F | TCT S | TAT Y | TGT C | T T | TTC F | TCC S | TAC Y | TGC C | C T | TTA L | TCA S | TAA Stop| TGA Stop| A T | TTG L(s)| TCG S | TAG Stop| TGG W | G --+---------+---------+---------+---------+-- C | CTT L | CCT P | CAT H | CGT R | T C | CTC L | CCC P | CAC H | CGC R | C C | CTA L | CCA P | CAA Q | CGA R | A C | CTG L(s)| CCG P | CAG Q | CGG R | G --+---------+---------+---------+---------+-- A | ATT I | ACT T | AAT N | AGT S | T A | ATC I | ACC T | AAC N | AGC S | C A | ATA I | ACA T | AAA K | AGA R | A A | ATG M(s)| ACG T | AAG K | AGG R | G --+---------+---------+---------+---------+-- G | GTT V | GCT A | GAT D | GGT G | T G | GTC V | GCC A | GAC D | GGC G | C G | GTA V | GCA A | GAA E | GGA G | A G | GTG V | GCG A | GAG E | GGG G | G --+---------+---------+---------+---------+-- >>>
Biopython使用此表将DNA转化为蛋白质以及找到终止密码子.
