pbs相关内容

在我的集群的一个节点上启动Jupyter笔记本电脑(高性能计算或HPC工具)

我想在我们的群集节点上运行jupyter笔记本，而不是在登录节点。我可以在登录节点上远程运行jupyter笔记本，但这会不必要地减慢集群的使用速度。请指导我如何从本地桌面启动节点上的jupyter笔记本。我们的集群使用PBS作业提交方式，例如使用qsub、qstat、qdel等命令来管理我们在集群上的作业。 推荐答案 您可以通过在作业脚本中运行jupyter笔记本来完成此操作。可以将j ..

发布时间：2022-03-30 21:50:19 jupyter-notebook cluster-computing hpc pbs qsub 其他开发

PBSPro qsub 输出错误文件定向到名称为 jobid 的路径

我正在使用 PBSPro 并尝试使用 qsub 命令行提交作业，但似乎无法按照我想要的方式命名输出和错误文件.目前使用: qsub -N ${subjobname_short} \-o ${path}.o{$PBS_JOBID} -e ${path}.e${PBS_JOBID}... 提交_script.sc其中 $path=fulljobname (即超过 15 个字符) 我知道 $PBS ..

发布时间：2021-08-30 19:00:40 stdout stderr pbs qsub 其他开发

PBS 作业保持排队('Q' 状态)但使用 qrun 运行

在我的完整本地扭矩安装 (torque-6.1.1) 上，我提交的所有作业都停留在“Q"状态，我必须使用 qrun 强制执行它们. >qstat -f 141作业 ID:141.localhostJob_Name = script.pbsJob_Owner = michael@localhost作业状态 = Q队列 = 批次服务器 = 本地主机检查点 = uctime = 2017 年 8 月 ..

发布时间：2021-06-30 19:32:40 queue pbs qsub torque 其他开发

如何在一次 PBS 作业提交中运行多个命令

我写了一个只需要 1-4 个 CPU 的代码.但是当我在集群上提交作业时，我必须至少采用一个节点，每个作业具有 16 个内核.所以我想对我提交的每个作业在每个节点上运行几次模拟.我想知道是否有办法在一项工作中并行提交模拟. 这是一个例子:我的代码需要 4 个 CPU.我为一个节点提交了一个作业，我希望该节点运行我的代码的 4 个实例(每个实例具有不同的参数)以获取所有 16 个内核. ..

发布时间：2021-06-14 18:53:09 parallel-processing pbs qsub torque supercomputers 其他开发

脚本完成之前输出文件不包含任何内容

我写了一个python脚本，其中有几个 print 语句.打印的信息可以帮助我监视脚本的进度.但是当我qsub bash脚本时，该脚本包含 python my_script&>.输出到计算节点上，即使脚本正在运行并打印某些内容，输出文件也不包含任何内容.脚本完成后，输出文件将包含输出.因此，当脚本运行时，如何通过输出文件实时获取输出. 解决方案 实际上是在每次写入后或每次写入调用后写入文件 ..

发布时间：2021-04-14 20:41:32 python bash pbs Python

在SLURM中运行没有顶级脚本的二进制文件

在SGE/PBS中，我可以像在本地一样将二进制可执行文件提交到群集.例如: qsub -b y -cwd回声你好 将提交一个名为echo的作业，该作业会将单词"hello"写入其输出文件. 我如何提交与SLURM类似的工作.它期望该文件在第一行上具有hash-bang解释器.在SLURM上我得到了 $ sbatch回声你好sbatch:错误:这看起来不像批处理脚本.首先sbatc ..

发布时间：2021-04-14 19:56:49 bash cluster-computing pbs sungridengine slurm 其他开发

在Anaconda环境中运行qsub

我有一个程序，该程序通常在Linux的conda环境中运行，因为我使用它来管理我的库，并遵循以下说明: 源代码激活my_environmentpython hello_world.py 如何在与PBS兼容的高级计算机上运行 hello_world.py .说明说明了如何运行如下所示的代码 script.sh ，并使用指令 qsub 进行调用. #script.sh#！/bin/sh#PBS ..

发布时间：2021-04-03 20:10:04 python linux anaconda pbs qsub 服务器开发

如何在多线程HPC集群中运行二进制可执行文件?

我有一个来自complete genomics的名为cgatools的工具( http://cgatools. sourceforge.net/docs/1.8.0/).我需要在高性能计算集群中运行一些基因组分析.我尝试运行分配超过50个内核和250gb内存的作业，但是它仅使用一个内核并将内存限制为小于2GB.在这种情况下，我最好的选择是什么?有没有一种方法可以在HPC群集中运行二进制可执行文件， ..

发布时间：2020-11-23 22:04:29 multithreading cluster-computing bioinformatics hpc pbs 其他开发

等待用户的所有作业完成，然后再将后续作业提交给PBS群集

我正在尝试调整一些bash脚本，以使其在（ pbs ）集群。 单个任务由几个脚本执行，而这些脚本由主脚本启动。 到目前为止，该主脚本在后台启动了多个脚本（通过添加& ），使它们可以在一台多核计算机上并行运行。 我想用 qsub s代替这些调用，以在整个群集节点上分配负载。 但是，有些工作要依靠其他工作才能开始。 到目前为止，这是通过主脚本中的 wait 语句实现的。 但是使用网 ..

发布时间：2020-10-03 02:31:15 shell cluster-computing wait pbs qsub 其他开发

PBS编程

关于PBS的一些简短而愚蠢的问题: 1-我使用 提交工作 qsub job_file 是否可以在作业文件中提交(子)作业? 2-我有以下脚本: qsub job_a qsub job_b 对于启动job_b，最好在job_a的结果完成之前完成.是否可以设置某种障碍或其他解决方法，以便在job_a完成之前不启动job_b? 谢谢 解决方案 第一个问题的答案 ..

发布时间：2020-07-11 02:42:09 scripting job-scheduling pbs qsub torque 其他开发

扭矩pbs中未找到sleep命令，但可在shell中使用

我们创建一个扭矩pbs文件" testpbs "，如下所示: #!/bin/sh #PBS -N T1272_flt #PBS -q batch #PBS -l nodes=1:ppn=1 #PBS -o /data/software/torque-4.2.6.1/testpbs.sh.out #PBS -e /data/software/torque-4.2.6.1/testpbs.sh. ..

发布时间：2020-07-11 02:42:02 shell pbs torque 其他开发

PBS批处理系统是否可以跨节点移动多个串行作业?

如果我需要“并行"运行许多串行程序(因为问题很简单但很耗时-我需要为同一程序读取许多不同的数据集)，则解决方案很简单使用一个节点.我要做的就是在每条命令后都用&号提交串行作业，例如在工作脚本中: ./program1 & ./program2 & ./program3 & ./program4 可以自然地在不同处理器上运行每个串行程序.这在登录服务器或独立工作站上非常有效，当然，对于仅要 ..

发布时间：2020-07-11 02:41:58 pbs torque 其他开发

设置扭矩/摩押集群，以单个回路在每个节点上使用多个核心

这是[我有一个内存受限的脚本，该脚本仅使用1个foreach循环，但我希望在node1上运行2个迭代，在node2上运行2个迭代.上面的链接问题允许您为外部环路的每个节点启动一个SOCK群集，然后为内部环路的MC群集启动一个SOCK群集，我认为没有利用每个节点上的多个内核. 我收到警告消息 Warning message: closing unused connection 3 ( ..

发布时间：2020-07-11 02:40:54 r foreach parallel-processing pbs torque 其他开发

可以使pbs输出错误消息实时归档

在完成扭矩pbs作业之后，将错误和结果写入* .err(PBS -e)和* .out(PBS -o)文件. 在作业运行时，扭矩pbs可以将错误消息实时输出到* .err吗? 在作业运行时，扭矩pbs可以将输出消息实时输出到* .out吗? 如何配置pbs_server或其他内容? 谢谢. 解决方案 方法是设置 $spool_as_final_name true ..

发布时间：2020-07-11 02:40:50 configuration pbs torque 其他开发

使用qsub可以提交连续且独立的作业有多快?

此问题与繁忙时pbs作业无输出有关.即，当PBS/扭矩“忙碌"时，我提交的某些作业不会产生任何输出.我想当许多工作一个接一个地提交时比较忙，而且碰巧的是，以这种方式提交的工作中，我经常会得到一些不产生任何输出的工作. 这里有一些代码. 假设我有一个名为"x_analyse.py"的python脚本，它将包含一些数据的文件作为输入，并分析了存储在该文件中的数据: ./x_analy ..

发布时间：2020-07-11 02:39:44 python cluster-computing pbs qsub torque Python

如何将作业提交到PBS中的特定节点

如何将作业发送到PBS/TORQUE中的特定节点? 我认为您必须在节点之后指定节点名称. #PBS -l nodes=abc 但是，这似乎不起作用，我不确定为什么. 在 PBS上提出了这个问题，并指定要使用的节点 这是我的示例代码 #!/bin/bash #PBS nodes=node9,ppn=1, hostname date echo "This is a script ..

发布时间：2020-07-11 02:39:41 bash shell pbs torque 其他开发

重定向我的java程序在qsub下的输出

我目前正在使用qsub运行多个Java可执行程序. 我写了两个脚本:1)qsub.sh，2)run.sh qsub.sh #! /bin/bash echo cd `pwd` \; "$@" | qsub run.sh #! /bin/bash for param in 1 2 3 do ./qsub.sh java -jar myProgram.jar -param ..

发布时间：2020-07-10 03:46:27 pbs qsub sungridengine queueing 其他开发

在没有实际作业文件的情况下提交qsub作业的语法?

我想在不创建离散作业文件的情况下即时提交qsub作业.因此，假设我有一个名为"get_time.py"的python脚本，它仅报告时间.而不是像这样编写提交脚本: cat>job.sub ..

发布时间：2020-07-10 03:43:59 python sungridengine qsub pbs Python

.pbs文件中的朴素并行化

是否可以在PBS文件中的for循环中并行化? 下面是我的try.pbs文件.我想分配4个节点，并同时为每个节点分配16个进程.我已经成功完成了这项工作，但是现在我有4个工作，我想向每个节点发送一个工作. (我需要这样做，因为排队算法会让我等几天，以便在我正在使用的群集上提交4个单独的作业) #!/bin/bash #PBS -q normal #PBS -l nodes=4:ppn=1 ..

发布时间：2020-05-24 21:41:54 parallel-processing job-scheduling pbs qsub supercomputers 其他开发

PBS，刷新标准输出

我的Torque/PBS工作时间很长，我想监视输出.但是仅在作业完成后才复制日志文件.有没有办法说服PBS刷新它? 解决方案 不幸的是，AFAIK在PBS/Torque中是不可能的-stdout/stderr流在执行主机上本地后台处理，然后在之后传输到提交主机工作已经完成.如果您想在执行期间监视程序，则可以将程序的标准输出重定向到文件(仅在执行和sumit主机共享一个公共文件系统时才有意义 ..

发布时间：2020-05-24 21:04:30 parallel-processing batch-processing pbs torque 其他开发