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如何使用 Torque/MOAB 调度程序设置 doSNOW 和 SOCK 集群?

继续这个问题(https://stackoverflow.com/questions/17222942/allow-foreach-workers-to-register-and-distribute-sub-tasks-to-other-workers)，什么是连接doSNOW的最佳实践和 SOCK 集群到 Torque/MOAB 调度程序，以避免处理外部并行循环的某些部分代码的内部并行循环中的 ..

发布时间：2021-12-26 12:36:24 r foreach parallel-processing cluster-computing torque 其他开发

PBS 作业保持排队('Q' 状态)但使用 qrun 运行

在我的完整本地扭矩安装 (torque-6.1.1) 上，我提交的所有作业都停留在“Q"状态，我必须使用 qrun 强制执行它们. >qstat -f 141作业 ID:141.localhostJob_Name = script.pbsJob_Owner = michael@localhost作业状态 = Q队列 = 批次服务器 = 本地主机检查点 = uctime = 2017 年 8 月 ..

发布时间：2021-06-30 19:32:40 queue pbs qsub torque 其他开发

如何在一次 PBS 作业提交中运行多个命令

我写了一个只需要 1-4 个 CPU 的代码.但是当我在集群上提交作业时，我必须至少采用一个节点，每个作业具有 16 个内核.所以我想对我提交的每个作业在每个节点上运行几次模拟.我想知道是否有办法在一项工作中并行提交模拟. 这是一个例子:我的代码需要 4 个 CPU.我为一个节点提交了一个作业，我希望该节点运行我的代码的 4 个实例(每个实例具有不同的参数)以获取所有 16 个内核. ..

发布时间：2021-06-14 18:53:09 parallel-processing pbs qsub torque supercomputers 其他开发

修改PBS作业的属性(包括队列)

我想更改群集上计划的几个(空闲)作业的属性(挂墙时间和队列). 当我这样做时(其中1234是工作ID): qalter -l walltime=24:00:00 -q newQueue 1234 我收到以下错误: qalter: illegally formed job identifier: newQueue 我该怎么办? 解决方案 您需要分两个步骤进行操作: ..

发布时间：2020-07-11 02:42:13 hpc torque 其他开发

PBS编程

关于PBS的一些简短而愚蠢的问题: 1-我使用 提交工作 qsub job_file 是否可以在作业文件中提交(子)作业? 2-我有以下脚本: qsub job_a qsub job_b 对于启动job_b，最好在job_a的结果完成之前完成.是否可以设置某种障碍或其他解决方法，以便在job_a完成之前不启动job_b? 谢谢 解决方案 第一个问题的答案 ..

发布时间：2020-07-11 02:42:09 scripting job-scheduling pbs qsub torque 其他开发

为什么Torque qsub不创建输出文件?

我尝试使用命令通过Torque PBS在群集上启动任务 qsub -o a.txt a.sh 文件a.sh包含单个字符串: hostname 在命令qsub之后，我执行qstat命令，给出下一个输出: Job ID Name User Time Use S Queue ---------- ..

发布时间：2020-07-11 02:42:06 qsub torque supercomputers 其他开发

扭矩pbs中未找到sleep命令，但可在shell中使用

我们创建一个扭矩pbs文件" testpbs "，如下所示: #!/bin/sh #PBS -N T1272_flt #PBS -q batch #PBS -l nodes=1:ppn=1 #PBS -o /data/software/torque-4.2.6.1/testpbs.sh.out #PBS -e /data/software/torque-4.2.6.1/testpbs.sh. ..

发布时间：2020-07-11 02:42:02 shell pbs torque 其他开发

PBS批处理系统是否可以跨节点移动多个串行作业?

如果我需要“并行"运行许多串行程序(因为问题很简单但很耗时-我需要为同一程序读取许多不同的数据集)，则解决方案很简单使用一个节点.我要做的就是在每条命令后都用&号提交串行作业，例如在工作脚本中: ./program1 & ./program2 & ./program3 & ./program4 可以自然地在不同处理器上运行每个串行程序.这在登录服务器或独立工作站上非常有效，当然，对于仅要 ..

发布时间：2020-07-11 02:41:58 pbs torque 其他开发

如何等待扭矩作业阵列完成

我有一个脚本，可将数据结构分成多个块.这些块使用扭矩作业数组进行处理，然后合并回一个结构中. 合并操作取决于作业阵列的完成情况.如何使合并操作等待扭矩作业阵列完成? $ qsub --version Version: 4.1.6 我的脚本如下: # Splits the data structure and processes the chunks qsub -t 1-100 ..

发布时间：2020-07-11 02:41:57 cluster-computing torque 其他开发

设置扭矩/摩押集群，以单个回路在每个节点上使用多个核心

这是[我有一个内存受限的脚本，该脚本仅使用1个foreach循环，但我希望在node1上运行2个迭代，在node2上运行2个迭代.上面的链接问题允许您为外部环路的每个节点启动一个SOCK群集，然后为内部环路的MC群集启动一个SOCK群集，我认为没有利用每个节点上的多个内核. 我收到警告消息 Warning message: closing unused connection 3 ( ..

发布时间：2020-07-11 02:40:54 r foreach parallel-processing pbs torque 其他开发

可以使pbs输出错误消息实时归档

在完成扭矩pbs作业之后，将错误和结果写入* .err(PBS -e)和* .out(PBS -o)文件. 在作业运行时，扭矩pbs可以将错误消息实时输出到* .err吗? 在作业运行时，扭矩pbs可以将输出消息实时输出到* .out吗? 如何配置pbs_server或其他内容? 谢谢. 解决方案 方法是设置 $spool_as_final_name true ..

发布时间：2020-07-11 02:40:50 configuration pbs torque 其他开发

qsub集群上的作业后检查实时输出

这是我的pbs文件: #!/bin/bash #PBS -N myJob #PBS -j oe #PBS -k o #PBS -V #PBS -l nodes=hpg6-15:ppn=12 cd ${PBS_O_WORKDIR} ./mycommand 在qsub文档页面上，好像我把这行 PBS -k o，我应该能够在主目录中名为myJob.oJOBID的文件中检查实时输出.但是 ..

发布时间：2020-07-11 02:40:49 cluster-computing qsub torque 其他开发

用qsub/tork提交作业时排除某些节点?

使用qsub提交批处理作业时，是否可以通过主机名排除某个节点? 类似 # this is just a pseudo command: qsub myscript.sh --exclude computer01 解决方案 取决于您希望有多少个节点，有两种选择. 您可以通过名称指定可以接受的特定节点: qsub -l nodes=n006+n007 例如要排除组中的 ..

发布时间：2020-07-11 02:40:47 torque qsub 其他开发

使用qsub可以提交连续且独立的作业有多快?

此问题与繁忙时pbs作业无输出有关.即，当PBS/扭矩“忙碌"时，我提交的某些作业不会产生任何输出.我想当许多工作一个接一个地提交时比较忙，而且碰巧的是，以这种方式提交的工作中，我经常会得到一些不产生任何输出的工作. 这里有一些代码. 假设我有一个名为"x_analyse.py"的python脚本，它将包含一些数据的文件作为输入，并分析了存储在该文件中的数据: ./x_analy ..

发布时间：2020-07-11 02:39:44 python cluster-computing pbs qsub torque Python

如何将作业提交到PBS中的特定节点

如何将作业发送到PBS/TORQUE中的特定节点? 我认为您必须在节点之后指定节点名称. #PBS -l nodes=abc 但是，这似乎不起作用，我不确定为什么. 在 PBS上提出了这个问题，并指定要使用的节点 这是我的示例代码 #!/bin/bash #PBS nodes=node9,ppn=1, hostname date echo "This is a script ..

发布时间：2020-07-11 02:39:41 bash shell pbs torque 其他开发

PBS，刷新标准输出

我的Torque/PBS工作时间很长，我想监视输出.但是仅在作业完成后才复制日志文件.有没有办法说服PBS刷新它? 解决方案 不幸的是，AFAIK在PBS/Torque中是不可能的-stdout/stderr流在执行主机上本地后台处理，然后在之后传输到提交主机工作已经完成.如果您想在执行期间监视程序，则可以将程序的标准输出重定向到文件(仅在执行和sumit主机共享一个公共文件系统时才有意义 ..

发布时间：2020-05-24 21:04:30 parallel-processing batch-processing pbs torque 其他开发

在open-mpi/mpi-run中加载共享库

我正在尝试通过使用mpi run的扭矩计划程序来运行我的程序.虽然在我的pbs文件中，我通过 加载了所有库 export LD_LIBRARY_PATH=/path/to/library 但是它给出了错误 error while loading shared libraries: libarmadillo.so.3: cannot open shared object file: ..

发布时间：2020-05-12 19:58:28 mpi pbs torque 其他开发

如何增加Torque作业的OpenFabrics内存限制?

当我在InfiniBand上运行MPI作业时，会遇到以下问题.我们使用扭矩管理器. -------------------------------------------------------------------------- WARNING: It appears that your OpenFabrics subsystem is configured to only allow ..

发布时间：2020-05-01 10:19:45 linux mpi ulimit torque ofed 服务器开发

PBS / TORQUE：我如何在多个节点上提交并行作业？

因此，现在我正在使用 qsub 的集群提交作业，但它们似乎总是在单个节点上运行。我现在正在运行它们。 #PBS -l walltime = 10 #PBS -l nodes = 4：gpus = 2 #PBS -rn #PBS -N测试 range_0_total = $（seq 0 $（expr $ total - 1）） for i in $ range_0 ..

发布时间：2018-05-29 10:00:54 grid pbs torque grid-computing 其他开发

如何使用Torque / MOAB调度程序设置doSNOW和SOCK群集？

继续这个问题（https://stackoverflow.com/questions/17222942/allow-foreach-workers-to-register-and-distribute-sub-tasks-to-other-workers），什么是最好的做法连接doSNOW和SOCK集群到Torque / MOAB调度器，以避免处理一个外部并行循环的代码的一部分内部并行循环中的处理 ..

发布时间：2018-01-24 21:30:45 r foreach parallel-processing cluster-computing torque 其他开发