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如何在一次 PBS 作业提交中运行多个命令

我写了一个只需要 1-4 个 CPU 的代码.但是当我在集群上提交作业时,我必须至少采用一个节点,每个作业具有 16 个内核.所以我想对我提交的每个作业在每个节点上运行几次模拟.我想知道是否有办法在一项工作中并行提交模拟. 这是一个例子:我的代码需要 4 个 CPU.我为一个节点提交了一个作业,我希望该节点运行我的代码的 4 个实例(每个实例具有不同的参数)以获取所有 16 个内核. ..
发布时间:2021-06-14 18:53:09 其他开发

MPI_Reduce 与 (MPI_Gather + Reduction on Root) 的性能对比

使用 MPICH2 库的 CRAY 超级计算机.每个节点有 32 个 CPU. 我在 N 个不同的 MPI 等级上有一个浮动,其中每个等级都在不同的节点上.我需要对这组浮点数执行归约操作.对于任何 N 值,我想知道 MPI_Reduce 是否比 MPI_Gather 更快,并且在根上计算了减少.请假设对根等级进行的减少将使用可以利用 N 个线程的良好并行减少算法来完成. 如果 N 的任 ..
发布时间:2021-06-04 18:36:25 其他开发

应用程序性能与峰值性能

我对群集上运行的实际应用程序性能与群集峰值性能有疑问. 假设一个HPC集群报告其峰值性能为1 Petaflops.这是如何计算的? 在我看来,似乎有两个测量矩阵.一种是基于硬件计算的性能.另一个是从运行HPL吗?我的理解正确吗? 当我阅读一个在系统上全面运行的真实应用程序时,开发人员提到它可以实现10%的峰值性能.如何测量它以及为什么不能达到最佳性能? 谢谢 解决方案 峰值性能 ..
发布时间:2020-07-25 22:41:40 其他开发

集群和MPP超级计算机体系结构有什么区别?

集群和MPP超级计算机体系结构有什么区别? 解决方案 在群集中,每台计算机在内存,磁盘等方面在很大程度上彼此独立.通过正常网络上的某些变体将它们互连.集群主要存在于程序员的脑海中,以及他/他选择如何分配工作的头脑. 在大规模并行处理器中,实际上只有一台计算机具有成千上万个紧密相连的CPU. MPP具有奇异的内存架构,可以与相邻处理器以极高的速度交换中间结果. 主要变体是SIMD ..
发布时间:2020-07-25 22:41:38 其他开发

.pbs文件中的朴素并行化

是否可以在PBS文件中的for循环中并行化? 下面是我的try.pbs文件.我想分配4个节点,并同时为每个节点分配16个进程.我已经成功完成了这项工作,但是现在我有4个工作,我想向每个节点发送一个工作. (我需要这样做,因为排队算法会让我等几天,以便在我正在使用的群集上提交4个单独的作业) #!/bin/bash #PBS -q normal #PBS -l nodes=4:ppn=1 ..

SJF什么时候比FCFS糟糕?

在同时处理大量任务的超级计算机操作系统中,就等待时间而言,SJF策略花费比FCFS策略花费更长的时间吗? 可以假定系统中存在多个内核. 解决方案 首先,我认为这是不可能的,然后我花了一些时间终于得出以下结果: 是的. 假设就绪队列中充满了具有相同突发时间(全部= x)的进程: Process Burst time P1 x P2 ..

PBS脚本-o文件到多个位置

有时候,当我在PBS群集上运行作业时,我真的很想在两个地方添加作业日志(-o文件). $PBS_O_WORKDIR中的一个用于保持所有内容,而${HOME}/jobOuts/中的一个用于进行greping/awking/etc ... 从命令行进行测试可与tee一起使用: echo "hello" | qsub -o `tee $HOME/out1.o $HOME/out2.o $HO ..
发布时间:2020-05-03 08:23:19 其他开发

有效地计算浮点Bash中运算数十万次

背景 我的研究机构的研究风暴潮的计算工作,并在尝试使用bash命令来自动完成一些高性能计算的。目前,该方法是我们从诺阿下载数据和手动创建命令文件,行由行,以时间为程序从该文件和一个风倍率读出的数据一起输入的每个文件的位置。有数以百计的每个下载NOAA产生这些数据文件,它出来的,每6个小时左右,当风暴正在进行中。这意味着,在风暴期间大量时间都花在做这些命令文件。 问题 我在有限的工具,我可以使 ..
发布时间:2016-08-03 11:34:22 Linux/Unix