r-package相关内容

如何使用inst/extdata中的文件?R包检查阻止在R 3.6中使用system.file()

我正在编写R包,并尝试使用外部文件。我将其放在inst/extdata中,并使用system.file("extdata", "file.csv", package = "mypackage")将该文件加载到我的函数中。官方手册只描述了从inst/extdata获取数据的这种方式。 但在构建过程中,我收到错误 ERROR: hard-coded installation path: plea ..
发布时间:2022-05-25 23:06:10 其他开发

在 CRAN 包中包含非 CRAN 包

这个问题很简单.第一: 是否可以在 CRAN 包中包含非 CRAN(或 bioconductor,或 omega hat)包,并在示例中实际使用该包中的工具. 如果是,如何设置 DESCRIPTION 文件等以使其合法并通过 CRAN 检查? 具体来说,我问的是曾经是 CRAN 包的 openNLPmodels.en.它非常有用,并且希望包含其中的功能.我可以做一个解决方法,而不是在 ..
发布时间:2022-01-13 17:16:51 其他开发

在包检查 R 2.14.0 期间使用带有小插图的 inst/extdata

我有一个包,其中包含一个 csv 文件,我在每个 R-exts 中放入了 inst/extdata.小插图需要此文件.如果我直接 Sweave 小插图,一切正常.但是,当我运行 R --vanilla CMD check 时,检查过程找不到该文件.我知道在检查过程中它已被移动到 .Rcheck 目录中,这可能是问题的一部分.但我不知道如何设置它,所以直接 Sweave 和小插图构建/检查都有效. ..
发布时间:2022-01-13 17:16:07 其他开发

在 R 中安装 coreNLP

我正在按照此链接上的说明使用 coreNLPhttps://github.com/statsmaths/coreNLP 但是,我发现了这个错误 >图书馆(核心NLP)get(method,envir = home) 中的错误:延迟加载数据库 '/Users/apple/Library/R/3.2/library/coreNLP/R/coreNLP.rdb 已损坏此外: 警告消息:1:在 . ..
发布时间:2022-01-02 17:37:20 其他开发

在 Sagemaker Jupyter NoteBook 实例上安装 RODBC 或 ODBC 时出错

我一直在尝试从 Sagemaker Jupyter Notebook 实例建立到 Teradata 的连接.我试图按照我通过 R Studio 的方式来做.但是当我尝试在实例中安装软件包时,我会收到非零退出状态错误. 我尝试过以下安装方式: remotes::install_github() 或 devtools::install_github() 还有: install.pack ..
发布时间:2021-11-27 10:55:57 其他开发

R 包:下划线在构建时添加到 RcppExports.R

我在不同的计算机上使用 Rstudio 在同一个 R 包上工作,但出于某种原因,每当我构建包时,有些计算机会修改 RcppExports.R 和 RcppExports.cpp 文件,在一些函数前添加下划线.例如,查看编译包前后文件之间的差异(第一行是之前,第二行是之后)可以发现: .Call('PkgName_FunctionName', PACKAGE = 'PkgName', argum ..
发布时间:2021-07-10 21:15:47 其他开发

R rgl 包崩溃 Rstudio

有没有人在 Rstudio(版本 0.99.489)中使用 R rgl 包(版本 0.95.1201)?每次我调用 library(rgl) 时,Rstudio 都会崩溃. 更新 我通过从源代码安装 0.95.1367 版来更新 rgl.Rstudio 仍然崩溃.但是当我在 R GUI 或 R 在终端中运行它时,没有问题.最近我将我的 XQuartz 更新为 2.7.9_beta1.我 ..
发布时间:2021-07-10 21:10:41 其他开发

安装R包的问题

我是 Windows 用户.几周前,我安装了 R 和 Rstudio 以及许多软件包.今天有消息说没有安装新的软件包. 警告:无法访问存储库 http://www.stats.ox.ac.uk/pub/RWin/src/contrib 的索引:无法打开 URL 'http://www.stats.ox.ac.uk/pub/RWin/src/contrib/PACKAGES' 我重新安装了 R ..
发布时间:2021-07-10 21:06:37 其他开发

使用导入器从 Python 中的 R 包中调用函数

我在 R 中使用名为 mRMRe 的特征选择算法,但我需要从 Python 中调用它.我已经成功安装了该软件包并能够从 Python 调用它.我需要访问 R mRMRe 包中的一些函数,如 mRMR.data 以将数据帧转换为算法所需的格式. from rpy2.robjects.packages import importrutils = importr('utils') #-- 只有一次.u ..
发布时间:2021-07-10 20:15:24 Python

在 R 包内的 NAMESPACE 中导入 Rcpp 头文件

这是我在 R 中的第一个包,我已经有了工作包,但是我会删除 cpp 文件中的一些重写功能,所以我做了一个可以使用单个功能的头文件. 我怎样才能把这个头文件放在包里?注意header.h和header.cpp在包的src/目录下并且 #include "header.h" 位于 .cpp 文件中,我在其中使用此函数 我试图修改 NAMESPACE 文件: import(myheader ..
发布时间:2021-07-03 18:48:44 其他开发

dyn.load(dllfile) 中的错误——构建链接到 Rcpp 的包的问题

我的包不会安装在我的机器上或 travis-ci.org 上.CRAN 版本 的唯一更新是我添加的小插图.我一直在关注 Rcpp - package 和 R 包;编译后的代码. 错误与这些先前的问题有关,但不重复. Q40922814 -- 这里的问题是 C 和 C++ 代码的使用.我只使用 C++ 代码 Q36952571 -- 我使用的是 Mac OS,因此无法访问 ldconf ..
发布时间:2021-07-03 18:48:41 其他开发

“RcppArmadilloExtensions/sample.h"R 包构建步骤中的链接器错误

我正在制作一个 R 包,它在一些源文件中使用了 Rcpp::RcppArmadillo::sample() 函数.特别是,我在 4 个不同的 cpp 文件中使用了该函数,并且在每个文件中我添加了这一行 #include 以包含所需的头文件. 一切正常,直到我想通过命令 R CMD build mypackage 构建包.我收到 重复符号 错误,其中提到的头文件中定义的大多数函数都被列为重复符 ..
发布时间:2021-07-03 18:44:56 其他开发

使用 Xptr 和 Function 调用 Rcpp 函数 - 仅适用于 xptr 案例

我正在尝试开发一个包,我需要在其中输入用户的函数(可以使用 Rcpp 或在 R 中定义),将其发送到另一个函数(在包内)在 struct 中并在那里处理它. 当我使用 Rcpp::Xptr(即函数指针)时,代码有效,但同样不适用于 Rcpp::Function.为用户使用 Rcpp::Function 的好处是他们可以在 R 中定义函数(尽管会损失很多性能增益).> 首先是什么: #in ..
发布时间:2021-07-03 18:43:12 其他开发

带有 Rcpp 的 .c 和 .cpp 文件的 R 包

我正在尝试使用 Rcpp 包作为依赖项构建一个包含 C(以 .c 文件的形式)和 C++ 代码(以 .cpp 文件的形式)的 R 包. 我有几个问题. 首先,真的可以这样做吗?可以调用同一 R 包中的 C 脚本和 C++ 脚本吗? 如果前一种可行,那么如何在 C 和 C++ 脚本中正确注册函数. 为了帮助解决这个问题,我在我的 GitHub 页面上设置了一个小示例(https: ..
发布时间:2021-07-03 18:43:09 其他开发

了解用于链接到 R 包中的外部 C 库的`Makevars`

我正在开发一个包,其中包含来自第三方库 (SUNDIALS) 的 C 代码.该包使用以下执行静态链接的 Makevars 文件编译和工作(即,能够解决测试 ODE) CXX=clang++PKG_CPPFLAGS = -I../inst/includePKG_LDFLAGS =/usr/local/libPKG_LIBS= $(LAPACK_LIBS) $(BLAS_LIBS) $(FLIBS) ..
发布时间:2021-07-03 18:43:06 其他开发

在 R 包中重命名和隐藏导出的 Rcpp 函数

编写R包,我有一个R函数调用特定的Rcpp函数.Rcpp 函数仅用作辅助函数,我不想为其创建 .Rd 文件.到目前为止,我的解决方案是在命名空间文件中导出这两个函数,这会导致警告在我运行 check 命令后立即为 Rcpp 函数创建一个 .Rd 文件.如果我删除命名空间文件中的辅助函数,我将摆脱这个警告,现在导致 R 函数无法再找到它的问题. 有没有办法解决这个问题.这意味着要使 Rcpp ..
发布时间:2021-07-03 18:38:56 其他开发