gplots相关内容

R：热图的行缩放不能正常工作

我当前正在为某些数据创建热图，其中每个项目(OTU)的值差异很大，因此我使用scale="row"选项。 我假设这将为每一行使用相同的颜色渐变，因此最大的颜色将始终存在(深绿色)，最小的颜色(白色)也将始终存在。然而，正如您在下面看到的，有些颜色从白色变为白色，另一些颜色从浅绿色变为深绿色或深绿色。 以下是我一直使用的代码： library(gplots) library(RCo ..
发布时间：2022-04-14 20:05:46 其他开发

在heatmap.2中使行标签为斜体.

我正在尝试使用R函数heatmap.2将行标签设置为斜体.没有默认选项，例如，我无法通过设置par(font=3)来解决.如何在heatmap.2中将行标签设置为斜体? set.seed(123) data = matrix(sample(100), nrow=10, ncol=10) rownames(data) = c("A", "B", "C", "D", "E", "F", "G", ..
发布时间：2020-11-22 21:32:24 其他开发

减少heatmap.2图上的列宽

我有一个331 * 9的双矩阵(名为expr001).看起来像这样: row.names Col1 Col2 Col3 Col4 Col5 Col6 Col7 Col8 Col9 17211382 7.397439 7.377975 7.299997 8.192889 8.292300 8.09 ..
发布时间：2020-11-22 21:30:03 其他开发

如何为heatmap.2中的分支和刻度标签上色?

我已经在R中使用gplots的heatmap.2函数完成了热图，但是我不知道如何为每组着色分支和刻度标签(例如，如果我将树剪成像我的第二个图一样有四个小伙子.我检查了是否可以使用dendextend包单独对树状图着色. 这里也有一个热图:有人可以帮助我解决这个问题吗? 更新 这是我的热图: 我想有一个这样的分支，并根据它们的四个组分别用彩色的勾号和勾号标签(此图由Illus ..
发布时间：2020-11-22 21:14:25 其他开发

R heatmap.2中的移动色键(gplots包的功能)

我现在已经阅读了Heatmap.2帮助手册两次，在各种在线教程中，我也没有读到将彩色键移到另一个位置的方法. 现在，我想知道是否有可能? 如果您使用的是gplots包中的heatmap.2函数，则默认情况下，颜色键位于左上角. 解决方案 可以使用lmat，lhei和lwid参数控制heatmap.2图中每个元素的位置.这些由heatmap.2通过以下方式传递给layout命令: ..
发布时间：2020-11-22 21:09:02 其他开发

R:加权Joyplot/Ridgeplot/密度图?

我正在尝试使用ggridges包(基于ggplot2)创建一个Joyplot.一般的想法是，一个Joyplot可以创建缩放比例合适的堆叠密度图.但是，我似乎无法使用加权密度生成其中之一.在创建Joyplot的密度计算中，是否有某种方法可以将采样权重(用于加权密度)纳入计算? 以下是ggridges软件包文档的链接: https://cran.r-project.org/web/package ..
发布时间：2020-07-23 02:10:37 其他开发

R gplots heatmap.2-使用breaks参数时密钥不稳定(警告:未排序的"breaks"将在使用前进行排序)

我正在用R中gplots包中的heatmap.2函数可视化数据集.基本上，我是对原始数据执行分层聚类分析，同时强制热图显示有限版本的数据(-3和+3之间)以限制异常值对热图外观的影响，同时仍保留原始聚类.当我使用完整的数据集(fullmousedatamat)时，它工作得很好.但是，当我使用部分数据集(partialmousedatamat)并希望使用与完整数据集相同的键对其进行绘制时，键中会掉出 ..
发布时间：2020-04-30 09:47:45 其他开发